В феврале 1939 года Эйтингон осуществил отправку республиканского руководства и лидеров испанской компартии во Францию, а также советской колонии на родину.
За работу в Испании Наум Эйтингон в ноябре 1937 года был награжден вторым орденом Красного Знамени. Под именем генерала Котова он упоминается в широко известных мемуарах Ильи Эренбурга «Люди. Годы. Жизнь».
Весной 1939 года Эйтингон возвратился в Москву. К тому времени в результате необоснованных репрессий из 450 сотрудников внешней разведки (включая загранаппарат) было расстреляно или отправлено в лагеря 275 человек, или 61 процент от всего личного состава. Со многими ценными зарубежными агентами была прервана связь, восстановить которую удавалось далеко не всегда. В 1938 году, когда в результате мюнхенского сговора Англия и Франция отдали Гитлеру на растерзание Чехословакию, в течение 127 дней из внешней разведки руководству страны не поступило ни одной информации — ее просто некому было обработать и подписать.
25 ноября 1938 года наркомом внутренних дел СССР был назначен Лаврентий Берия. Репрессии против чекистов-разведчиков пошли на убыль, однако совсем не прекратились. 2 ноября 1938 года был арестован начальник внешней разведки старший майор госбезопасности Зельман Пассов (расстрелян 15 февраля 1940 года). Назначенный начальником 5-го (разведывательного) отдела ГУГБ НКВД СССР Владимир Деканозов уже 13 мая 1939 года был освобожден от занимаемой должности как не имеющий опыта работы во внешней разведке и переведен на должность заместителя наркома иностранных дел. Внешнюю разведку возглавил выпускник Школы особого назначения (ШОН) старший майор госбезопасности Павел Михайлович Фитин.
Возвратившийся из Испании Эйтингон попал в довольно сложную ситуацию. Григорий Сыроежкин, с которым он работал над созданием диверсионных отрядов в тылу франкистов, был арестован и расстрелян. Резидент Орлов оказался невозвращенцем. К тому же арестованные и затем расстрелянные бывший начальник Восточного отдела ОГПУ Яков Петерс и бывший полпред СССР в Турции Лев Карахан в ходе следствия под пытками вынуждены были подписать показания на Эйтингона как на английского шпиона. В Москве за Эйтингоном была установлена слежка, которую он быстро обнаружил. Правда, после того, как он сказал об этом заместителю начальника внешней разведки Павлу Судоплатову, наружное наблюдение за ним было снято. От ареста Наума Эйтингона спас лишь случай. К этому времени по указанию Сталина НКВД приступил к реализации операции по физическому устранению Льва Троцкого, которая получила кодовое название «Утка» и заняла по времени около двух лет. К операции в качестве одного из ее руководителей был подключен и Наум Эйтингон.
