Первый период царствования Михаила Федоровича продлился до возвращения патриарха Филарета из плена. Рюрикович Василий Шуйский, неудачно правивший (1606–1610) и свергнутый, являл собой яркий пример того, что может случиться в России с выборным царем. Долгая и кровопролитная Смута породила массу страхов и перед соседними державами, особенно Польшей и Швецией, и перед собственным народом, готовым в любую минуту поднять бунт. Новоизбранному царю даже негде было жить в Кремле, поскольку он был разорен и сожжен, и мать Михаила в письмах в Москву требовала, чтобы для него были отстроены хоть какие-то хоромы. Первые шесть лет правления Михаила Федоровича в Кремле постоянно действовал Земский собор, принимавший самые сложные решения по выходу страны из кризиса. Пустую государственную казну пытались пополнить и путем введения чрезвычайного налога — «пятинной деньги», и за счет средств богатого купечества. Купцы Строгановы, например, получили уникальное («никому не в пример») почетное звание «именитых людей» за те огромные пожертвования, которые вынуждены были внести в казну. Выборный царь очень хорошо осознавал отсутствие «кровного» основания своей власти и свою зависимость от избравшего его народа. В этот начальный и самый сложный период его правления ни одно решение не было принято им самостоятельно; даже отказ от избранной невесты Марии Хлоповой он в 1616 году переложил на плечи Земского собора, заявив, что поступит так, «как укажут люди»…
После возвращения из плена отца государя и до самой его смерти Михаил целиком подчинялся воле Филарета, властного и сильного человека, принявшего титул «государь патриарх», то есть официально ставшего вторым по рангу, но реально являвшегося первым правителем, в ведении которого была и внутренняя, и внешняя политика. Кстати, именно он разобрался с делом «порчи» царской невесты Марии Хлоповой и отправил в ссылку виновных в интригах против нее родственников своей супруги Салтыковых. Письма Михаила Федоровича Филарету красноречивы — он всегда предстает в них только любящим сыном, тогда как отец ему видится «равноангильным жизнию», «вселенским пастырем», «подражателем Христовых велений», «Святых апостол преемником», «церковных кормил правителем, карабль православия неблазненно направляюще во пристание благоверия…» и т. п. Себя Михаил неоднократно сравнивает с оленем, коленопреклоненно пьющим духовную влагу, источаемую священным источником пастырских слов:«…желаем бо, святый владыко и государь мой, предобрый твой глас слышати, яко желательный елень напаятися». В конце писем обязательно прибавляет, что не только целует святительскую руку, но и «касается стопам его преподобия».
