Самой мощной реформой в правление Федора была отмена местничества. Какова была роль самого царя в ее проведении? Князю В. В. Голицыну, возглавившему Ответную палату, было поручено подготовить реформу. 24 ноября 1681 года царь подписал указ, а 12 января 1682-го под руководством князя М. Ю. Долгорукова состоялись его торжественное оглашение на Земском соборе и сожжение местнических документов. Текст Соборного деяния перечисляет участников комиссии, собравшейся для рассмотрения «ратных дел»: «Боярин князь Василий Васильевич с товарищи… выборные стольники и генералы, стольники же и полковники рейтарские и пехотные, и стряпчие, и дворяне, и жильцы, и городовые дворяне же, и дети боярские». Следовательно, над реформой работали представители служилых людей — «шляхетства». Молодой царь не принимал активного участия в решении этого сложнейшего и животрепещущего вопроса. Отмена местничества давала возможность продвижения по службе не очень знатным, но образованным и умным людям, к каковым относились и ближайшие советники царя. Чтобы пресечь местнические иски, были сожжены все разрядные книги с перечнями назначений на должности за предшествующее время. Взамен сожженных разрядных книг было приказано завести «Родословную книгу князей и дворян российских и выезжих», называемую также «Бархатной» по материалу переплета.
Большинство планов нового царя и его советников остались неосуществленными. Среди них — намерение ввести некое подобие позднейшей петровской Табели о рангах с разделением военной и гражданской службы и перечнем служебных чинов с целью окончательной ликвидации местничества. Проект учреждения академии был реализован спустя пять лет после смерти Федора Алексеевича. Сохранившийся «Привилей на Академию», составленный, скорее всего, Сильвестром Медведевым на основе предложений Симеона Полоцкого, с одной стороны, предполагал организацию высшего образования по типу западноевропейских университетов, с другой — содержал пункты, которые С. М. Соловьев сравнил «со страшным инквизиционным трибуналом»; например, чтение книг на иностранных языках и общение с иностранцами запрещались под угрозой ссылки в Сибирь и даже сожжения на костре. «Привилей» начинался сравнением Федора с его любимым героем, библейским царем Соломоном, стремящимся к мудрости — «царских должностей родительнице и всяких благ изобретательнице и совершительнице». В качестве предтечи академии в 1679 году царь указал открыть греческое училище при Печатном дворе («типографское»).
