Почти одновременно с началом полномасштабной Гражданской войны весной 1918 года на внутреннем фронте произошли заключительные выступления эсеров и других противников коммунизма. И конечно, ЧК напряженно работала, вылавливая и расстреливая каждого, кто не походил на рабочего или крестьянина, а также многих, которые были похожи на них.
В апреле 1918 года анархисты устроили двухдневные беспорядки в Москве, но ЧК и красные латышские стрелки покончили с ними.
Выступление эсеров против коммунистов, организованное Борисом Савинковым, учеником Азефа, началось несколько недель спустя. Тогда, в конце июня 1918 года, Моисей Гольдштейн, больше известный под именем В. Володарский, комиссар по делам печати, пропаганды и агитации, был убит на улицах Петрограда террористом-эсером.
Но главные события развернулись в июле 1918 года. Наиболее сильный удар большевикам был нанесен 6 июля, когда эсеры, работавшие в ЧК, убили графа Мирбаха, посла кайзера Вильгельма при правительстве Ленина. Они пошли на это убийство, ошибочно полагая, что немцы так сильно возмутятся преступными действиями тайной полиции Ленина, что аннулируют Брест-литовский договор и Россия опять втянется в войну. Правительство коммунистов поспешило заверить Германию, что убийство совершено бандитами, а Дзержинский отправился в резиденцию Мирбаха в попытке урезонить эсеров-чекистов. В это же время другие эсеры захватили центральные учреждения ЧК, а также помещения московского почтамта и центрального телеграфа, отрезав всю связь в столице, и казалось, что коммунисты потеряли контроль над городом. К тому же убийцы Мирбаха захватили Дзержинского и некоторое время удерживали его. Но, оказавшись на свободе, Феликс Дзержинский возобновил руководство ЧК. Представители эсеров, включая Марию Александровну Спиридонову, «бабушку русской революции», и руководителя московского восстания, были арестованы во время заседания съезда Советов. Чекисты восстановили контроль над зданием телеграфа и своими центральными учреждениями. Повстанцев выбили также из других опорных пунктов, иногда расстреливая их из пушек. Работавших в ЧК эсеров ликвидировали без суда и следствия. Спиридонову и других ведущих социалистов-революционеров отправили в сибирские тюрьмы.
Так закончилась попытка эсеров захватить Москву — тогда же завершилось их участие в работе ЧК, которая с тех пор превратилась в чисто коммунистическое учреждение. Однако к северу и востоку от столицы положение для режима оставалось неспокойным. Там восстанием руководил Савинков. Одновременно с выступлением Спиридоновой в Москве должны были подняться двадцать три города и поселения на верхней Волге. По некоторым свидетельствам, французы обещали помощь восставшим иностранными войсками из базы союзников в районе Архангельска. Но никакой помощи не поступило, и крайне сомнительно, чтобы французы вообще давали такое обещание.
