Вскоре после этого снова продолжилось активное Сотрудничество Герасимова с Азефом. Последний, со своей стороны, с удовольствием возобновил работу с офицером безопасности такого высокого калибра. В соответствии с вновь сформулированной политикой Охраны Азеф «официально» выдавал полиции разного рода подпольные объекты — фабрики взрывчатых веществ, типографские станки, а также мелкотравчатых террористов. Но о работе Центрального Комитета партии эсеров и его «боевой организации» Азеф докладывал лично Герасимову. Такой расклад устраивал и агента, и контролера.
С мая 1906 года возник еще один перерыв в деятельности «боевой организации» — Центральный Комитет партии эсеров по случаю начала работы Думы счел необходимым Отказаться от широкомасштабного террора. Тогда Азеф предложил Савинкову отправиться в Севастополь, дабы этот знаменитый террорист не растерял свою профессиональную квалификацию и ликвидировал одного адмирала, который жестоко подавил мятеж моряков в 1905 году: На самом деле цель Азефа заключалась в том, чтобы заслать Савинкова подальше от столицы и выдать его Охране. Но получилось так, что адмирала убили местные экстремисты еще до прибытия Савинкова. Тем не менее его арестовали и определили в городскую тюрьму. Дело кончилось тем, что члены «боевой организации», совершив диверсионно-десантную операцию, освободили Савинкова и тот бежал в Румынию.
Азефу, однако, удалось реабилитироваться перед Герасимовым другими достижениями. Он сумел предотвратить несколько террористических вылазок эсеров, не слишком охотно выполняющих предписание своего Центрального Комитета о прекращении огня. Так, был расстроен заговор с целью убийства Дурново, пресечено несколько попыток ликвидации московского генерал-губернатора и других высокопоставленных представителей власти.
В июле 1906 года на авансцену политической жизни России выходит Столыпин, новый премьер-министр. Этот сильный государственный деятель сразу привлек к себе внимание «боевой организации», и она наметила его в качестве жертвы, но премьер пережил эту организацию на несколько лет в немалой степени благодаря успешному сотрудничеству Герасимова и Азефа. Тем не менее в 1905–1907 годах от рук террористов погибли сотни чиновников режима более низкого ранга. В ответ в 1906–1907 годах военно-полевые суды обрекли на смертную казнь, по крайней мере, тысячу экстремистов, большинство из которых были расстреляны или повешены в течение двадцати четырех часов после приговора. А за период 1907–1909 годов военные трибуналы продолжили борьбу с террористами; не менее пяти тысяч из них было осуждено на смерть еще больше отправлено в тюрьмы и ссылку.
