Без всяких особых усилий с его стороны Азефа включили в «боевую организацию» осенью 1902 года, а в марте 1903 года Гершуни, чувствуя, что дни его сочтены, назвал агента Охраны своим преемником в качестве руководителя террористов. Потом события развивались стремительно. Гершуни, руководивший следующим крупным покушением на убийство Богдановича, генерал-губернатора Уфы, в мае 1903 года, вскоре после этого был пойман (его голову оценили в пятьдесят тысяч рублей). Террориста отправили в Сибирь, как надеялась Охрана, в пожизненное заключение. Азеф, который, скорее всего, получил часть выкупа за своего шефа, быстро скрылся за границей и на собрании эсеров в Женеве в июне 1903 года был объявлен руководителем «боевой организации». Такой выбор не кажется слишком глупым, если учесть, что Азеф отличался административными способностями и умением разбираться в людях, а также хладнокровием. Ему была совершенно несвойственна романтическая возбужденность обыкновенного террориста.
За период 1902–1903 годов в верхних эшелонах Охраны тоже произошли потрясения. Плеве назначил в 1902 году директором полиции Лопухина, у которого давно установились связи с Охраной через Министерство юстиции. Как подтвердили последующие события, Плеве сделал очень неудачный выбор. Рачковский, который, видимо, не стал благоразумнее после того, как вызвал неудовольствие Александра III, доложив ему о непристойном поведении во Франции вдовы Александра II, был удален из иностранного агентства за то, что сообщил нелицеприятные факты о французском факире Филиппе, очаровавшем Николая II. В 1903 году уволили Зубатова, наставника и надзирателя Азефа, после того как одна из контролируемых полицией рабочих групп учинила бесчинства в южной России. И наконец, примерно в то же время Леонид Ратаев был переведен из санкт-петербургского охранного управления на пост главы иностранного агентства и, что более важно, стал контролировать деятельность Азефа. Эта перетряска и вызванная ею неразбериха очень помогли террористам, а режим дорого заплатил за них:
Тем временем Россия позволила себе роскошь организации еще одного погрома, страшного дела в Кишиневе в апреле 1903 года. Ответственность за него, причем с вескими основаниями, возложили на Плеве. Значительная часть общественности России и внешнего мира восприняла кишиневскую акцию с отвращением И возмущением. В результате денежные сундуки «боевой организации» быстро наполнились за счет пожертвований и в ряды террористов влилась масса добровольцев. Эта кровавая бойня сильно подействовала и на нового руководителя «боевой организации», еврея Азефа. Эсеры давно замышляли расправиться с Плеве, но именно реакция Азефа на события в Кишиневе ускорила осуществление планов убийства.
