Преображенцы с самого начала пользовались некоторым преимуществом перед семеновцами — возможно, потому, что Петр был их «командиром» во время юношеских потешных сражений. Видимо, по этой причине выходцы из Преображенского полка достигли большей известности. Среди них были князь Федор Ромодановский и любимец самодержца Александр Меншиков.
Этим можно объяснить и учреждение в 1695 году Преображенского приказа. Первоначально им руководил князь Ромодановский, а потом его сын Иван. Перед Приказом поставили разнообразные задачи, включая надзор за начавшейся в то время торговлей табаком, но очень скоро он стал ведать в основном политическими преступлениями. В своей полицейской деятельности Приказ использовал другое нововведение Петра: фискалов — широкую сеть правительственных чиновников, которые вначале предназначались для надзора за сбором налогов и предотвращения финансовых злоупотреблений, но потом стали больше специализироваться на политдоносах.
Преображенский приказ был удивительно невелик по составу, если принять во внимание масштабы поставленные перед ним задач. Помимо самого князя Ромодановского, в нем работали два ответственных сотрудника и с полдюжины помощников. Контакты с фискалами и другая работа по курьерской связи, так же как и аресты, осуществляли гвардейцы Преображенского и Семеновского полков, которые получали приказы от князя, а иногда и от самого Петра. Именно таким путем арестовывались, а потом препровождались в тюрьму или ликвидировались выявленные и потенциальные враги царя.
Наряду с Преображенским приказом и фискалами Петр учредил в последний период своего царствования третью важнейшую организацию по вопросам безопасности, Тайную канцелярию, созданную для суда над собственным сыном Алексеем, чтобы не запятнать монарха за последующую смерть предполагаемого наследника. Тайную канцелярию закрыли в 1726 году, вскоре после смерти Петра Великого. А Преображенский приказ просуществовал до смерти его начальник ка, князя Ивана Ромодановского, то есть до 1729 года.
С закрытием Приказа Преображенский и Семеновский гвардейские полки прекратили выполнять функции полицейского надзора. Но они сохранили еще на целое столетие свою роль основной охраны правителя. Обе эти воинские части испытали непродолжительное падение их престижа при царице Анне (1730–1740), которая создала Измайловский полк для своей охраны, целиком состоявший из прибалтийских немцев. Однако Анна использовала именно Преображенский полк, когда Нарушила соглашение, заключенное с Верховным тайным советом. Императрица Анна фактически воссоздала Преображенский приказ под другим названием — Тайная розыскных дел канцелярия, которой руководил генерал Андрей Ушаков, бывший при Петре членом Тайной канцелярии. Повсюду в стране эта организация располагала осведомителями, арестовывала и отправляла в ссылку бесчисленное множество влиятельных бояр и членов их семей. Она также усовершенствовала традиционные приемы российских пыток, позаимствовав в Западной Европе такие новшества, как «пекинская капельница», «нюрнбергская дева» и «испанский сапог».
