При Алексее свою роль играли также и стрельцы. Имеются описания того, как царь уезжал из дворца в карете, окруженной большим кольцом телохранителей, которые отгоняли любопытных древками секир. Эту функцию и выполняли стрельцы. Они были одеты в обмундирование ярких цветов, некоторые имели позолоченные пистолеты, а другие снабжены дубинками для разгона толпы. Существуют также указания на то, что Алексея не удовлетворяла эффективность собственной охранной службы. В начале своего царствования он едва не оказался в руках разъяренной толпы и поэтому нанял в подмогу стрельцам иностранных мушкетеров.
Своего наивысшего расцвета стрельцы достигли после смерти Алексея, когда началась борьба за власть между молодым Петром Великим и его сводной сестрой Софьей. Фактически в тот краткий период стрельцы решали скорее судьбу правителя, чем служили ему охраной.
В 1682 году, когда десятилетнего Петра провозгласили царем, отдав ему предпочтение перед его старшим, но слабоумным братом Иваном, Софья крайне возмутилась. Стрельцы по ее подстрекательству — по некоторым данным, около пятидесяти тысяч человек — совершили марш на Кремль, где находился Петр со своей матерью, Наталией. После уговоров и получения большой суммы денег, выплаченной Наталией, стрельцы ушли, но вскоре вернулись, опять по наущению Софьи. Они ворвались во дворец и изрубили сторонников Наталии. А сама Наталия вместе с Петром была отправлена в село Преображенское в окрестностях Москвы.
Софья, став регентом (1682–1689), сначала объявила амнистию стрельцам, участвовавшим в дворцовой бойне. Но вскоре она накинула на них узду, начав с ликвидации их командира, князя. Ивана Хованского, который размечтался о троне, поскольку принял участие в смещении царя. Потом Софья издала указ, запрещающий стрельцам и всем остальным впредь буйствовать в Кремле, по крайней мере, во время ее правления. В указе детально устанавливалось, кто допускается во дворец, через какие ворота, определялись лестницы и проходы, которыми надлежит пользоваться в различных частях Кремля. Полностью запрещался доступ посторонним в личные покои царствующей семьи. Это правило распространялось и на бояр. Царственные покои и кабинеты закрыли оградами и всех предупредили: «…никогда туда не входить и никого не приводить с собой, независимо от важности дела…» Запрещалось также появляться в любой части дворца с оружием. Это распространялось и на лиц, которые, согласно обычаям того времени, всегда были вооружены. Аналогичный запрет касался иностранных послов и сопровождающих их лиц.
