Хотя палачи пытались поддерживать костер так, чтобы тело осужденного сгорело полностью, но это не всегда удавалось. В большинстве случаев обуглившиеся останки разрывались палачами на мелкие части, кости дробились, и это ужасное месиво повторно предавалось огню. Затем пепел тщательно собирался и выбрасывался в реку. Так инквизиторы пытались лишить еретиков возможности сохранить останки своих мучеников и поклоняться им. Если осужденный на сожжение умирал до казни, то сжигали его труп. Сожжению после эксгумации подвергались и останки тех, кто был осужден посмертно.
В испанской и португальской инквизиции было принято сжигать на костре куклы, изображавшие осужденных (казнь іп еfigіе). Такой символической казни подвергались осужденные на пожизненное заключение, а также бежавшие из тюрем или от преследований жертвы инквизиции. Костер использовался инквизицией и для уничтожения сочинений вероотступников, иноверцев и неугодных церкви писателей.
В разработанном в начале ХIV века главным инквизитором Арагонского королевства Николае Эймериком руководстве для инквизиторов («Dігесtогіum іnquisіtогum») приводятся любопытные разъяснения о возможных «судебных ошибках» и ответственности за них инквизиции. Эймерик утверждает: «Если невиновный несправедливо осужден, он не должен жаловаться на решение церкви, которая выносила свой приговор, опираясь на достаточные доказательства, и которая не может заглядывать в сердца, и если лжесвидетели способствовали его осуждению, то он обязан принять приговор со смирением и возрадоваться тому, что ему выпала возможность умереть за правду». Возникает вопрос, продолжает рассуждать на ту же тему Николае Эймерик, вправе ли оговоренный лжесвидетелем верующий, пытаясь спастись от смертного приговора, признаться в несовершенном преступлении, т. е. в ереси, и покрыть себя в результате такого признания позором. Во-первых, объясняет инквизитор, репутация человека — внешнее благо, и каждый свободен пожертвовать ею с тем, чтобы избежать пыток, приносящих страдания, или спасти свою жизнь, являющуюся самым драгоценным из всех благ; во-вторых, потерей репутации не наносится никому вреда. Если же, заключает инквизитор, такой осужденный откажется «пожертвовать своей репутацией» и признать себя виновным, то исповедник обязан призвать его встретить пытки и смерть со смирением, за что ему будет уготовлена на том свете «бессмертная корона мученика» (14: 336–352). Таким образом, из рассуждений одного из руководителей инквизиции следует, что «священный» трибунал действовал с попущения Божьего и за его поступки конечную ответственность несет сам Господь Бог. Эти рассуждения свидетельствуют о преступной морали инквизиторов и их покровителей, включая монархов и глав церкви, возглавлявших инквизицию. Именно им — наместникам Бога на земле служила и подчинялась эта кровавая машина, созданная церковью и существовавшая с ее благословения. Деятельность «святой» инквизиции наложила зловещий отпечаток на теорию и практику дальнейшего судопроизводства, из которого под ее влиянием исчезли зачатки объективности и беспристрастности.
