Три отдельных эпизода мистического озарения вдохновили Иоахима на толкование истории в свете концепции Святой Троицы. По его теории, история разделена на три эры, продолжительность каждой равна жизни 42 поколений.
Ветхий Завет описывает «Век Отца», когда правили закон и страх. Новый Завет — «Век Сына», в котором правят милосердие и вера. А затем должен наступить «Век Святого Духа», когда на земле воцарится любовь.
При помощи таинственных математических выкладок было определено начало последней эры — 1260 год. Иоахим предсказывал ожесточенные конфликты и пришествие Антихриста. Однако за этими потрясениями последует эра мира при господстве духовной элиты — монашества.
В церкви Сен-Шапель повсюду присутствует символическое изображение числа 126, соотнесенное с числом 1260, ключевым в трактовке Иоахима. В Книге Откровений речь идет о женщине, убежавшей во время Апокалипсиса в пустыню, где она провела 1260 дней; витражи круглого окна в церкви, на которых изображен Апокалипсис, состоит из 126 фрагментов, так же как и окно с изображением Страстей Господних.
В 1260 году в Италии и Германии действительно начались волнения, но они не смогли изменить существующий порядок. Король Людовик IX на два года наложил епитимью на всю Францию. Сельскую местность наводнили флагелланты, бичевавшие себя, призывая верующих искупать грехи. В конце концов флагеллантов объявили еретиками. Так же поступили и с радикальным орденом францисканцев-фратичелли, воспринявшим учение Иоахима. Тем не менее его пророчества продолжали привлекать людей. Они оказывали большое влияние на творчество великих итальянских писателей, в частности Данте, а также на многих ученых, вплоть до XVII века.
Архитектор Сен-Шапель не известен. Полагают, что им был Пьер де Монтеро, один из самых выдающихся зодчих XIII века, которого по аналогии с учеными богословами называли «каменных дел доктором».
Создатель капеллы Пьер де Монтеро решил построить две церкви — одну над другой, и обе они были освящены в 1248 году.
По замыслу архитектора, Сен-Шапель состоит из двух часовен, нижней и верхней, как это было принято при строительстве церквей, предназначенных для королевских фамилий: верхний этаж — только для королевской семьи, нижний — для придворных. Освящение их произошло в 1248 году.
Нижняя часовня была посвящена Богоматери, верхняя — Терновому Венцу и Кресту Господню.
Нижняя церковь служит как бы высоким основанием для всей конструкции, от нее поднимаются вверх колоссальные окна, заканчивающиеся стрельчатыми башенками.
