Оба молодых человека отправляются в Болонью. Родриго, сопровождаемый гуманистом Гаспаро да Верона, едет туда, чтобы получить степень доктора права. Там он проведет шестнадцать месяцев в учении и удовольствиях, получив степень доктора в октябре 1456 года, хотя обычный срок для получения этой степени — 5 лет. Во время своевременного отсутствия папе удается обезоружить оппозицию Священной Коллегии. Во время тайной консистории[8] 20 февраля 1456 года он назначает своих обоих племянников кардиналами, вместе с третьим избранником — инфантом Жаком Португальским.
Весьма сдержанные кардиналы надеются, что смерть призовет старого папу до публичного сообщения о возведении в кардинальский сан. Но Каликст обманывает их ожидания. Воспользовавшись тем, что кардиналы покинули Рим летом 1456 года, чтобы избежать сильной жары и эпидемии, Каликст опубликовывает сообщение о новых назначениях 17 сентября. Через месяц его племянники торжественно вступают в город в качестве кардиналов. 17 ноября их дядя возлагает на них красные шапки, а 26-го проводит церемонию символического отпирания уст, смысл которой состоит в том, что новые кардиналы всегда и везде будут верным рупором Святого престола. Кардинал Луис Хуан де Мила получает звание, оставленное его дядей, — Четырех-Венценосных-Святых. Родриго становится кардиналом-диаконом со званием Святого — Николая ин Карцере Туллиано. Выбор этой маленькой церкви не случаен: она возвышается в самом центре, напротив Капитолия, у театра Марцелла, превращенного в укрепленный замок Орсини. В юрисдикции этого почитаемого святилища, возведенного на месте античного рынка, где торговали зеленью, находились все тюрьмы города, что давало молодому кардиналу полицейскую власть.
Но чтобы контролировать Рим, у Святого престола есть настоящая крепость — это Ватикан и его форпост, замок Сант-Анджело. С 1455 года брат Родриго Борджиа, Педро Луис, старше его на семь лет, получает звание главного капитана Церкви. Он становится управляющим замка Сант-Анджело. Бывший мавзолей императора Адриана, укрепленный во времена возвращения папства в Рим, прикрывает папскую резиденцию со стороны города и в то же время дает папе удобное убежище: туда можно добраться прямо из Ватикана, идя дозорной тропой вдоль стены. Не обращая внимания на протесты римских баронов, Каликст 15 марта 1456 года передает замок своему племяннику. Осенью он назначает его правителем Терни, Нарни, Тоди, Риети, Орвието, Сполето, Фолиньо, Ночеры, Ассизы, Амелии, Чивита Кастелланы и Непи. Еще через некоторое время присваивает ему титул управляющего наследием Святого Петра.
