Русские купцы были недовольны также строгими предписаниями и правилами торговли, регулирующими порядок продажи (только на территории двора и только оптовая: купцов с купцами, только жителями Стокгольма), а главное — высокой арендной платой («полуполтина с анбара на неделю»). Они хотели «анбарщину платить по тому ж, по чему свейские торговые люди платят в Великом Новгороде — по два алтына за неделю». Шведские власти оправдывали высокую арендную плату тем, что «гостин двор построен королевского величества казною, для того де в Стекол не и пошлина положена такова».
С установлением стабильных торгово-экономических и дипломатических отношений России со Швецией было связано появление первой русской церкви за границей[13]. Столбовский договор гарантировал русским торговым людям право проводить богослужение по своей вере на территории двора, но запрещал устройство постоянных церквей («по своей вере пение и веры своей строенье вольно им по тем же дворам в своих хоромах имети… а церквей по своей воле не ставити»). Поэтому первые православные богослужения в шведской столице по воскресным и праздничным дням проходили в часовне, устроенной в одном из амбаров.
Первое упоминание о богослужении относится к июлю 1646 г. Перерыв в богослужениях наступил в 1655 г. и продолжался до 1670 г., когда православную часовню перевели в Верхний город. В этом же году русские купцы приобрели у одного из шведских торговцев копию чудотворной иконы Тихвинской Богоматери, которую отправили в Тихвин. По преданию, в пути эта икона спасла попавший в бурю корабль. В 1672 г. церковь получила специальное помещение в Верхнем дворе. В 1694 г. она переехала в южный флигель Большого двора, где оставалась до 1748 г., когда ее помещение было передано муниципалитету. Своего кладбища в XVII — XVIII вв. у православных в Стокгольме не было, умерших хоронили при лютеранских церквах.
Устройство Русского двора в Стокгольме имело большое значение: были созданы условия для проживания и успешной торговой деятельности русских торговых людей в Стокгольме. Однако они были недовольны тем, что двор был расположен не в центре, «на низком и недобром месте вне города», и были готовы построить новый двор на свои средства в удобном для них месте. В этом им было отказано: «русской гостин двор в Стеколне построен, и другово гостина русково двора строити не для чего». Тем не менее со временем старый двор перестал соответствовать возросшему товарообороту, и в 1664-1674 гг. рядом с ним был построен новый каменный (Верхний, или Малый) двор. Русский двор сильно пострадал во время пожаров 1680 и 1694 гг. По решению магистрата при возобновлении Нижнего двора деревянные лавки были заменены каменными или полукирпичными. Теперь двор стал безопасным, но вскоре началась Северная война, надолго прервавшая его функционирование.
