Далее Бигль посетил Таити, Новую Зеландию и Австралию. Чудеса, свидетелем которых стал Дарвин, вскоре приведут к радикальным изменениям нашего мира. Но на тот момент осознание увиденного к нему еще не пришло.
Правда, на Таити он впервые увидел коралловый риф. Прежде чем покинуть Австралию, Дарвин задался целью выяснить происхождение коралловых островов. Лайель предполагал, что основанием рифа должна быть вершина подводного вулкана, так как коралловые животные обитают только на мелководье, где в достатке есть солнечный свет. Помимо прочего, это объясняло кольцеобразную форму рифа. У Дарвина теория Лайеля вызывала сомнение. «Гипотеза о том, что в основании кораллового острова с диаметром в 30 миль лежит подводный кратер такого же размера, всегда казалась мне нелепой». На этот счет у него была собственная теория. Дарвин уже знал, что земля может подниматься, так как видел это в Андах. Он пришел к выводу, что если в одном месте земля поднимается вверх, в другом она должна опуститься вниз, чтобы восстановить равновесие земной коры. Предположим, что в начале формирования рифа он находится на мелководье, но затем морское дно начинает медленно опускаться, в то время как коралловые полипы продолжают строительство рифа вблизи поверхности. В итоге возникает огромная коралловая гора, основанием которой к тому моменту уже служит морское дно — она целиком построена крошечными созданиями, которые, возводя риф, не покидают верхних слоев воды. А как же форма? Она возникает после того, как остров с растущим по краям кораллом погружается в воду. После этого в середине остается дыра, но риф по-прежнему продолжает расти вверх.
Домой Дарвин вернулся через пять лет и три дня после отплытия из Плимута. Прервав свой завтрак, его отец взглянул на сына. «Надо же», — сказал он, — «у него изменилась форма черепа».
Мысли об эволюции не посещали Дарвина во время путешествия на Бигле. Он был слишком занят сбором образцов, составление геологических карт, ведение записей и морской болезнью, чтобы организовать свои наблюдения в связную теорию. Но вскоре после окончания путешествия он был избран членом Королевского Геологического Общества. В январе 1837 года он представил свою вступительную статью, посвященную геологии побережья Чили. Он предположил, что изначальны Анды находились на дне океана, но впоследствии поднялись на поверхность. В своем дневнике он выразил восхищение «чудесной силой, поднявшей эти горы из глубин Земли, а еще больше — бесчисленными веками, которые потребовались на то, чтобы пробиться сквозь толщу пород, сдвинуть их с места и сравнять с землей». Много лет спустя береговая линия Чили стала одним из доказательств в пользу теории «материкового дрейфа»: в настоящее время считается, что эти горы возникли в результате субдукции — погружения тектонической плиты Наска под Южноамериканскую плиту.
