Дарвин был в восторге, хотя и немного волновался от перспективы стать писателем. У него в голове уже была идея о книге по геологии. Он думал о ней с тех самых пор, как сделал для себя открытие на острове Сантьягу.
Вскоре после того как корабль вернулся в Англию, Фицрой женился и отправился в свадебное путешествие, хотя и написал впечатляющее начало для книги. Дарвин начал беспокоится, что его собственная медленная скорость письма может задержать целый проект, однако и ранний энтузиазм Фицроя вскоре угас. С января по сентябрь 1837 года Дарвин работал на износ и в итоге обогнал капитана, и к концу года отослал свою законченную рукопись издателю. Фицрою потребовалось больше года чтобы догнать его, так что работе Дарвина пришлось подождать и наконец увидеть свет в 1839 году как третий том повести об исследовательской Экспедиции корабля «Бигль» с 1826 по 1836 году под заголовком «Том 3: Журналы и примечания, 1832–1836». Спустя несколько месяцев сам издатель переиздал его как «Дневник изысканий по геологии и естественной истории различных стран, посещенных кораблем «Бигль» в 1832–1836 годах». Возможно это была не та книга, но она оказала очень полезное действие на образ мыслей Дарвина. Она заставила его попробовать найти смысл во всём, что он увидел. Возможно ли объяснить всё это при помощи какого-либо основополагающего принципа?
Затем появилась его книга по геологии, которая в итого превратилась в три: одна о коралловых рифах, одна по вулканическим островам и ещё одна о геологии Южной Америки. Они свидетельствовали о его научных способностях и в итоге привели к тому, что он получил приз Королевского Научного Общества. В настоящее время Дарвин признан одним из ведущих учёных мира.
Кроме того, он делал обширные заметки по трансмутации видов, но прежнему не торопился их публиковать. Совсем наоборот. Где-нибудь ещё целью политических сил было разрушение влияния церкви, и одним из ключевых моментов было то, что живые существа легко могли возникнуть без участия творца. Дарвин, на тот момент будучи добрым христианином, полностью избегал того, что могло объединить его с такими людьми. Он не мог публично поддерживать идеи трансмутации видов без риска иметь проблемы с англиканской церковью, и ничто в мире не заставило его даже раздумывать об этом. Но его идея о естественном отборе никуда не делась, так что он продолжать развивать её в качестве своеобразного увлечения.
Он упоминал о своих догадках в кругу своих учёных друзей и знакомых, среди которых был и Лайель и Джозеф Дальтон Хукер, который не отвергал таких мыслей. Но он сказал Дарвину: «Я очень раз слышать о том, что вы считаете что такие изменения могут иметь место, однако ни одно из задуманных в настоящий момент времени мнений не устраивает меня по этому вопросу». И как он позже высказался довольно едко: «Вряд ли кто-то имеет право рассматривать вопрос о видах, предварительно не изучив многих их них.» Дарвин воспринял этот совет близко к сердцу и начал оглядываться в поисках новых видов, по вопросам которых можно стать экспертом. В 1846 году он отправил окончательные исходники своей книги по геологии издателю и отметил это достав последнюю бутылку сохранившихся образцов из путешествия Бигля. На горлышке бутылке он заметил ракообразных с архипелага Чонос — усоногих членистоногих.
