Еще более суровому наказанию подвергли угличан. Многих из них казнили, остальных отправили в сибирский город Пелым. Центральный городской колокол был сброшен с колокольни, а остальные колокола лишены «языков». После этого некогда процветавший волжский город пришел в упадок.
Следует отметить, что Нагие отнюдь не смирились со своей участью. Через родственников они стали распространять по всей стране слухи о том, что царевич Дмитрий был убит по приказу Б. Ф. Годунова, стремящегося к власти. Этим они хотели отомстить царскому шурину за свои несбывшиеся надежды. Но царский шурин, судя по всему, никакого отношения к угличской драме не имел. Материалы следственного дела это наглядно подтверждают.
У современников возникли свои версии относительно смерти царевича Дмитрия. Одну из них зафиксировал в своем труде «История в память сущим» анонимный автор.
«Великого убо царя Феодора брата Дмитрия Ивановича, не единоматерья, отделиша всех началнейших велмож российских советом на Углеч, да в своем пространствии с материю си пребывает. Сему же царевичю Димитрею естеством возрастающу и братне царьство и величество слышащу, и от ближних си смущаему за еже не вкупе пребывания з братом, и часто в детьских глумлениих глаголет и действует нелепо о ближнейших брата си, паче же о сем Борисе. И врази сущее и ласкатели, великим бедам замышленицы, в десятерицу лжи составляющее, с сими подходят велмож, паче же сего Бориса, и от многия смуты ко греху низводят, его же, краснейшаго юношу, отсылают, не хотяща, в вечный покой. Память же его великою кровию неповинною во всей России торжествовася. Се первый грех да разумеется, та же по сем и другий: ни во что же положиша сю кровь неповинную вся Россия». (Сказание Авраамия Палицына. М., Л. 1955. С. 251.)
По мнению автора этой версии, в смерти Дмитрия был повинен Борис Годунов, но его на этот шаг толкнули некие злобные сплетники. Сначала они настроили против царского шурина царевича, потом сообщили Борису о негативном отношении к нему Дмитрия, и тот постарался расправиться с мальчиком. При этом русское общество отнеслось с полным равнодушием к событиям в Угличе.
Позднее враги Б. Ф. Годунова написали сочинения, в которых тот был представлен настоящим преступником, убившим не только царевича Дмитрия, но и царя Федора Ивановича и даже свою сестру царицу Ирину-Александру К тому же смерть царевича Дмитрия превратилась в «козырную карту» в руках многих политиков в Смутное время. Они ловко использовали ее при борьбе за власть.
