Родство с Иваном IV способствовало успешной службе Нагих. Брат А. М. Нагого, Федор, сначала стал ловчим, а потом получил чин окольничего. Его сыновья Афанасий и Федор служили воеводами в разных городах, участвовали в Ливонских походах. Вскоре у Афанасия Федоровича обнаружились дипломатические таланты, и он стал главным специалистом по контактам с Крымским ханством и Турцией. Вероятно, именно он сосватал племянницу Марию за стареющего царя в 1580 г. После свадьбы Нагие надеялись занять самые главные места у царского трона, но Иван Грозный дал окольничество только отцу Марии Федору Федоровичу. В 1583 г. тот скончался, не успев помочь многочисленным родственникам получить выгодную службу. В этой ситуации Нагие, несомненно, чувствовали себя обойденными и мечтали о большем.
В Москве о событиях в Угличе 15 мая 1591 г. узнали очень быстро. Городовой приказчик Русин Раков тут же отправил туда гонца. Царь Федор сразу же собрал Боярскую думу и на заседании предложил отправить в Углич следственную комиссию. Во главе ее был поставлен князь В. И. Шуйский, недавно вернувшийся из ссылки. Его назначение говорило о желании царя получить объективные данные о случившемся. Вторым членом комиссии стал окольничий А. П. Клешнин, состоявший в родстве с Нагими — его зятем был младший брат царицы Марии Г. Ф. Нагой. От духовных властей послали крутицкого митрополита Геласия. Составлять протоколы допроса свидетелей должен был дьяк Е. Вылузгин.
Через короткое время следственная комиссия прибыла в Углич и начала опрашивать свидетелей. Первыми были вызваны родственники царицы, ее родной брат Михаил и двоюродные братья Александр и Григорий. Саму Марию Федоровну никто допрашивать не имел права, поскольку она была царицей.
Выписки из «Углического следственного дела» Расспросные речи Михаила Нагого
«И того ж дни, майя в 19-й день, в вечеру, приехали на Углеч князь Василей (Шуйский. — Л. М.), и Ондрей (Клешнин. — Л. М.), и Елизарей (Вылузгин. — Л. М.) и расспрашивали Михайла Нагово: которым обычаем царевича Дмитрея не стало, и что его болезнь была, и для чево он велел убити Михайла Битяговского, и Михайлова сына Данила, и Микиту Качалова, и Данила Третьякова, и Осипа Волохова, и посадских людей, и Михайловых людей Битяговского, и Осиповых Волохова, и для чево он велел во вторник збирата ножи и пищали, и палицу железную, и сабли, и класти на убитых юдей; и посадских из сел многих людей для кого збирали, и почему городского приказчика Русина Ракова приводили к целованью, что ему стояти с ними за один, а против было ково им стояти?
