Возвышение Годуновых, принадлежащих к далеко не самому знатному роду, не слишком понравилось остальным представителям знати. Некоторые из них стали предпринимать попытки оттеснить их от престола.
Главными «заводчиками» мятежа стали одни из самых знатных князей-Рюриковичей — Шуйские. Когда-то в XIII в. их предок Андрей Ярославич Суздальский был выше Даниила Александровича Московского — родоначальника государей «всея Руси». Шуйские никогда об этом не забывали, поэтому одними из последних среди удельных князей перешли на службу в Москву, сохраняя за собой родовые владения в Шуе.
Особенно выдвинуться Шуйским удалось в период малолетства Ивана Грозного. В. В. Шуйский Немой и его брат Иван фактически руководили государством и с полным пренебрежением относились к юным сыновьям Василия III. Их потомки в конце XVI в., видимо, часто вспоминали об этом времени и мечтали его вернуть. Им казалось, что достаточно мягкий по характеру царь Федор вполне может оказаться под их властью, но для этого необходимо лишь оттеснить от него Годуновых во главе с царицей Ириной. Лучшим поводом для этого являлось ее неплодие, т. е. отсутствие детей.
В конце лета 1586 г. бояре Иван Петрович и Андрей Иванович Шуйские начали широкомасштабную кампанию против Ирины Федоровны. Они уверяли представителей духовенства во главе с митрополитом Дионисием, дворян и рядовых москвичей в том, что для блага страны следует заставить царя Федора развестись с «неплодной супругой». Их агитация для многих людей показалась убедительной. Мятежники составили грамоту с требованием развода и с ней пришли в царский дворец.
Однако всегда покладистый Федор Иванович встретил челобитчиков очень сурово. Он возмутился, что посторонние люди вмешиваются в его личную жизнь и приказал строго всех наказать. Главных зачинщиков крамолы выслали из столицы. И. П. Шуйский сначала под надзором приставов был отправлен в свое имение Лопатничи, потом отправлен в Кирилло-Белозерский монастырь, где он принял постриг и в 1588 г. скончался. А. И. Шуйского первоначально отвезли в его село Воскресенское. Потом направили в Каргопольскую тюрьму, где он скончался в 1589 г. Остальных Шуйских, братьев Василия, Дмитрия и Ивана Васильевичей, которые не участвовали в крамоле, просто выслали в Галич на некоторое время. В 1590 г. они вновь были приняты при царском дворе, поскольку Дмитрий Иванович состоял с Б. Ф. Годуновым в близком родстве — их жены были сестрами, дочерьми Малюты Скуратова.
