По легенде, созданной в костромском Ипатьевском монастыре в XVI в., родоначальником Годуновых, а также Сабуровых и Вельяминовых, был некий татарский мурза Чет. В конце XIII в. он выехал из Орды на службу к русским князьям, правившим в Костроме. Это могли быть сыновья великого князя Дмитрия Александровича, Александр или Иван. Чет принял православие и стал боярином Захарием. За службу он получил земли около Костромы. На них он основал Ипатьевский монастырь, как гласит местная легенда.
В летописях сведений о Чете нет, но под 1304 г. записано, что в Костроме было восстание против местных бояр. В ходе него был убит боярин Александр Захарьевич по прозвищу Зерно. По родословной Годуновых он считается сыном Чета-Захария.
Правда, известный исследователь С. Б. Веселовский считал, что легенда о Чете была выдумана монахами Ипатьевского монастыря для доказательства княжеского происхождения их главных покровителей — Годуновых. На самом деле Захарий был одним из представителей костромского боярства, которое появилось в этом городе еще при великом князе Василии Ярославиче (правил в Костроме с 1247 по 1276 г., с 1272 г. был еще и великим князем Владимирским).
После возвышения Московского княжества при Иване Калите (с 1328 г.) и превращения Москвы в столицу Северо-Восточной Руси костромской боярин Дмитрий Зерно, сын Александра, с тремя сыновьями, Иваном Красным, Константином, по прозвищу Шея, и младшим Дмитрием, переехал в столицу Там все получили боярские чины уже при московском великокняжеском дворе. Константин Шея даже стал настолько близок Василию I, что подписал его духовную грамоту Правда, детей у него не было. Род пошел от сыновей Ивана Красного Федора Сабура и Ивана Годуна. Первый стал родоначальником старшей ветви — Сабуровых, от второго пошла средняя ветвь — Годуновы. Самая младшая ветвь — Вельяминовы — пошла от Дмитрия Дмитриевича.
По устоявшейся при великокняжеском, а потом и царском дворе традиции представители старшей ветви рода должны были служить самим государям, представители средней и младшей ветвей — удельным князьям, т. е. братьям государей.
Взлет всего рода бывших костромских бояр произошел после того, как в 1505 г. дочь Юрия Сабурова, Соломония, стала женой великого князя Василия III. Ближайшие родственники великой княгини Сабуровы получили боярские чины, а Годуновых стали назначать воеводами главных полков во время военных походов Василия III. Их успешная служба, зафиксированная в Разрядных книгах, помогла потом Б. Ф. Годунову успешно выиграть несколько местнических споров с представителями титулованной знати и занять довольно высокое место при дворе Ивана IV.
