Ельцин пообещал Полторанину, что кроме первого секретаря горкома в работу газеты никто вмешиваться не будет, но Полторанин должен пообещать «работать в рамках, задаваемых горкомом». Рамки при этом выглядели вполне революционно: «демократизация, борьба с привилегиями, разгром чиновничьей мафии». За первый год нового формата тираж «Московской правды», составлявший 110 тысяч экземпляров, достиг миллиона. В 1987 году газету включили во всесоюзный каталог «Союзпечати» — городская газета фактически стала общенациональной.
Скандальная отставка Бориса Ельцина с должности первого секретаря горкома случилась, как известно, в октябре 1987 года, но уже летом было понятно, что Ельцин — хромая утка. Соратники Михаила Горбачева по Политбюро (сам генеральный секретарь пока сохранял нейтралитет) начали критиковать Ельцина уже публично.
— Мы с ним тогда поцапались в первый раз. Когда на него стали давить, он мне говорит, что вот, надо бы уже показывать хорошее, что делается в Москве. Я, говорит, работаю уже здесь год, уже пора показать результаты.
Я ему говорю: Борис Николаевич, ну вы даете. Работаете всего год, и говорите, что надо позитив только показывать. Что это такое? Пришел человек и все поменял к лучшему. Мы же так не договаривались.
Ельцин тогда, наверное, обиделся, но у Михаила Полторанина были возможности продемонстрировать Борису Николаевичу свою верность. Во время октябрьского пленума ЦК, рассматривавшего фактически персональное дело Ельцина, Полторанина вызвали на Старую площадь Егор Лигачев и Александр Яковлев и продержали в запертом кабинете целый день, требуя написать заявление, осуждающее первого секретаря Московского горкома. Полторанин говорит, что из здания ЦК ему пришлось спасаться бегством — сказал сидевшему с ним в кабинете чиновнику отдела пропаганды Игорю Склярову по прозвищу Череп, что хочет в туалет, а когда Скляров пошел его сопровождать к уборной, Полторанин, не прощаясь, бегом спустился по лестнице и уехал домой. А когда новый первый секретарь горкома Лев Зайков на заседании бюро горкома предложил Полторанину остаться в «Московской правде», «чтобы вместе поднимать партию и долбать наследство Ельцина», Полторанин написал заявление об уходе и даже отказался от помощи горкома с поисками новой работы.
С работой ему помог главный редактор «Московских новостей» Егор Яковлев, который отвел Полторанина к председателю правления Агентства печати «Новости» Валентину Фалину («Московские новости» принадлежали тогда АПН). Полторанин стал политическим обозревателем АПН и постоянным автором самой популярной перестроечной газеты. В «Московских новостях» он впервые, по его словам, по-настоящему столкнулся с цензурой.
