В Китае он находился до начала 1946 года и затем прибыл в Москву. В июле 1946 года его направляют в Дрезден, где он стал начальником отдела внутренних дел Советской военной администрации земли Саксония (Дрезден). Обстановку там сложно было назвать мирной и спокойной.
В марте 1948 года после окончания германской командировки ему присвоили звание полковника и перевели в центральный аппарат МВД СССР. Это назначение было неслучайным. Вспомнили про довоенный опыт борьбы чекиста с политическим и уголовным бандитизмом. Только теперь, кроме Западной Украины, к «горячим точкам» добавилась Прибалтика с ее «лесными братьями».
С 1948 по 1950 год Николай Прокопюк работал в Главном управлении по борьбе с бандитизмом МВД СССР (в мае — июне 1948 года — зам. начальника 8-го отдела, в июне 1948 года — августе 1950 года — зам. начальника 1-го отдела).[108]
Главное управление по борьбе с бандитизмом — последнее место службы Николая Прокопюка: 11 августа 1950 года по состоянию здоровья он уволился в запас.[109]
С 1961 года — персональный пенсионер союзного значения.[110] До конца своих дней активно занимался общественной деятельностью.
В середине шестидесятых годов прошлого века его пригласили главным консультантом на съемку четырехсерийного телевизионного фильма о советских чекистах «Операция «Трест»». В 1968 году состоялась премьера этой ленты.[111]
Герой Советского Союза, кавалер двух орденов Ленина, трех орденов Красного Знамени, восьми польских и чехословацких орденов Николай Прокопюк скончался в Москве 11 июня 1975 г. Его похоронили на Новодевичьем кладбище.[112]
