Апраксину же было предписано отправиться в Нарву и ждать дальнейших распоряжений. Однако распоряжений не последовало, а вместо этого в Нарву пожаловал "Великий государственный инквизитор", начальник Тайной канцелярии А. И. Шувалов. Следует иметь в виду, что Апраксин был другом канцлера Бестужева, а Шуваловы - ярыми его врагами. "Великий инквизитор", приехав в Нарву, незамедлительно учинил опальному фельдмаршалу строгий допрос, касающийся главным образом, его переписки с Екатериной и Бестужевым.
Шувалову нужно было доказать, что Екатерина и Бестужев склоняли Апраксина к измене с тем, чтобы всячески облегчить положение прусского короля. Допросив Апраксина, Шувалов арестовал его и перевез в урочище Четыре Руки, неподалеку от Петербурга.
Апраксин отрицал и какой-либо злой умысел в своем отступлении за Неман и утверждал, что "молодому двору никаких обещаний не делал и от него никаких замечаний в пользу прусского короля не получал".
Тем не менее, он был обвинен в государственной измене и все, заподозренные в преступной с ним связи, были арестованы и привезены на допросы в Тайную канцелярию.
14 февраля 1758 года, неожиданно для всех, был арестован и канцлер Бестужев. Его сначала арестовали и только потом стали искать: в чем бы обвинить? Сделать это было трудно, ибо Бестужев был честным человеком и патриотом, и тогда ему приписали "преступление в оскорблении Величества и за то, что он, Бестужев, старался посеять раздор между Ея Императорским Величеством и Их Императорскими Высочествами".
Дело окончилось тем, что Бестужева выслали из Петербурга в одну из его деревень, но в ходе следствия подозрения пали на Екатерину, ювелира Бернарди, Понятовского, бывшего фаворита Елизаветы Петровны, генерал-поручика Бекетова, учителя Екатерины Адодурова. Все эти люди были связаны с Екатериной, Бестужевым и английским посланником Уильямсом. Из всех них лишь Екатерина, как Великая княгиня да Понятовский, как иностранный посол, могли бы чувствовать себя относительно спокойно, если бы не их тайные интимные отношения и сугубо секретные отношения с канцлером Бестужевым, которые легко было расценить как антиправительственный заговор. Дело в том, что Бестужев составил план, по которому, как только Елизавета Петровна скончается, Петр Федорович станет императором по праву, а Екатерина будет соправительницей. Себе же Бестужев предусмотрел особый статус, который облекал его властью, не меньшей, чем у Меншикова при Екатерине I. Бестужев претендовал на председательство в трех важнейших Коллегиях - Иностранной, Военной и Адмиралтейской. Кроме того, он желал иметь звание подполковника во всех четырех лейб-гвардейских полках Преображенском, Семеновском, Измайловском и Конном. Свои соображения Бестужев изложил в виде Манифеста и прислал его Екатерине.
