Как только опасность миновала, все заговорщики были Иваном казнены. В самом начале своего царствования он ощутил, что такое бунт и что такое стоять лицом к лицу с разгневанным народом. И все его правление прошло с желанием избежать повтора этой ситуации. Иван стал проводить реформы, одни из которых вели к большей централизации государства, другие же увеличивали свободы народа: было отменено кормление, подтверждено право свободного переходя крестьян, крестьянским общинам было дано право самоуправления. Стрельцы были все вооружены огнестрельным оружием, что делало русскую армию самой грозной в Европе, где часть пехотинцев (пикинеры) в то время имела только холодное оружие. Начал теснить Иван и древнюю родовую знать, издав «Приговор о местничестве».
Все эти реформы требовали большой воли их вершителя, а также беспрекословного подчинения знати. Правил Иван вместе с так называемой «Избранной радой» — неким неформальным правительством.
Но многие из бояр, входивших в этот узкий кружок, хотя и не были против реформ, говорили царю, что не стоит проводить их такими быстрыми темпами. Со временем и увеличением перемен сопротивление рады возросло, и Иван, уже не желавший слушать иного мнения, в 1560 году отправив нескольких ее членов в опалу, фактически прекратил ее деятельность.
Сдерживающих факторов для характера Ивана не осталось, и в среде знати начались волнения: все больше бояр бежали за границу. Дважды, например, пытался бежать за рубеж и дважды был прощен И. Д. Бельский, были пойманы при попытке к бегству и прощены князья В. М. Глинский и И. В. Шереметев. Зимой 1563 года перебежали к полякам боярин Колычев, Т. Пухов-Тетерин, М. Сарохозин. В апреле 1564 года в Польшу перебежал Андрей Курбский… Покидали Русь и еще десятки знатных людей, что, понятно, не добавляло в ее пределах порядка и спокойствия. И не улучшало настроение Ивана. Начались казни. Поводом для них могло послужить что угодно: Юрий Кашин был казнен за отказ плясать на пиру в скоморошьей маске, Дмитрий Оболенский-Овчина — за то, что попрекнул Федора Басманова его гомосексуальной связью с царем, а известный воевода Никита Васильевич Шереметев — за ссору с Басмановым.
Между тем собравшиеся в рубежах Литвы и Польши бояре хотели вернуться на родину и, понимая, что такое возможно лишь с исчезновением Грозного, начали готовить вооруженный поход на Москву.
В декабре 1564 года была предпринята попытка вооруженного мятежа против царя, которая весьма испугала Ивана. 3 декабря царь вместе с семьей внезапно выехал из столицы на богомолье, прихватив с собой казну, личную библиотеку, иконы и символы власти. Посетив село Коломенское, он не стал возвращаться в Москву, вместо этого, проскитавшись несколько недель, остановился в Александровской слободе нынешней Владимирской области. А 3 января 1565 года он отправил в Москву гонца с известием, что от престола по причине гнева на бояр, церковных, воеводских и приказных людей он отрекается.
