На следующий день стрельцы потребовали выдать Ивана Нарышкина, который прятался в спальне сестры-царицы, угрожая, если этого не будет сделано, перебить всех бояр. Наталье Кирилловне, под давлением Софьи, пришлось на это пойти, и ее брата предали пытке и казнили. Отец же царицы Кирилл Полуэктович Нарышкин, по настоянию стрельцов, был пострижен в монахи и выслан в Кирилло-Белозерский монастырь.
Хотя царем формально оставался малолетний Петр, а Наталья Кирилловна — регентшей, никакой силы за ними не стояло: все их родственники и сторонники или были перебиты, или бежали из столицы.
19 мая стрельцы подали царю челобитную (а фактически — ультиматум) с требованием выплатить им всю задолженность по жалованью, которая, по их мнению, составляла 240 000 рублей. Таких денег в казне не было, достать их было негде, и управление государством взяла в свои руки Софья: она приказала собирать для этого деньги по всей стране и даже переплавить золотую и серебряную посуду царской столовой.
23 мая стрельцы подали новую челобитную, в которой, явно не без наущения Софьи, обращались сразу к двум государям: Петру и Ивану — и просили сделать Софью регентшей. Такое решение было выгодно не только Милославским, получавшим в руки часть уплывшей было власти, но и им самим, которые теперь могли не опасаться мести Нарышкиных.
Патриарху и Боярской думе не оставалось ничего другого, как выполнить требования стрельцов. Но те не успокоились и для окончательного разрешения ситуации потребовали признать все совершенные ими убийства не только законными, но и поставить на Лобном месте памятный столб, на котором должны были быть вырезаны имена всех «воров-бояр», истребленных во время бунта, с перечислением их злоупотреблений, никем, понятно, не доказанных. И лишь когда было исполнено это, стрельцы успокоились. Но покидать Кремль, тем не менее, не спешили.
Софья назначила высшим стрелецким начальником князя И. А. Хованского, сторонника Милославских, весьма популярного среди стрельцов. Но тот начал вести свою игру, с одной стороны баламутя войско, с другой — говоря Софье, что, «когда меня не станет, то в Москве будут ходить по колена в крови».
Это время и получило название «Хованщина». Старообрядцы, еще недавно жестоко преследуемые правительством, почувствовали слабость Кремля и стали изо всех уголков страны стекаться в Москву и проповедовать в стрелецких полках возврат к старой вере. Хованский их поддерживал, видя в этом еще один рычаг давления на регентшу. Но, собственно, вернуться к старой вере было не в силах правительства: это была прерогатива церкви и патриарха. Да и вряд ли Софья на это пошла бы: тем самым она не только признала бы неправоту исправления богослужебных книг своим отцом, но и окончательно потеряла авторитет в народе.
