9 мая 1829 года «Рафаил» был определен для усиления между Синопом, Трапезондом и Батумом вместе со шлюпом «Диана» бригом «Пегас», бригантиной «Елизавета» и шхуной «Гонец». При этом Стройникову было предписано: «По соединении с теми судами принять начальство над ними, определить каждому судну пункт крейсерства и содержать в самой тесной блокаде все места между Синопом, Трапезондом и Батумом лежащие, стараясь прекратить между ними всякое сообщение; в случае недостатка воды и провизии, посылать суда за первою в Сухум-Кале, а за второю в Севастополь, но с тем, чтобы они немедленно возвращались к своим постам, и чтобы более одного судна не было уволено в одно время». 10 мая в 5 часов пополуночи «Рафаил» снялся с Сизопольского рейда для следования по назначению.
20 мая флот под началом адмирала Грейга крейсировал между Пендераклиею и Босфором. Именно тогда от датского посла в Турции барона Гибша (который представлял интересы России) была получена депеша о захвате турецким флотом у Пендераклии фрегата «Рафаил». Сообщение было столь невероятным, что в него вначале не поверили. Да, «Рафаил» находился в отдельном плавании, да, могло иметь место столкновение фрегата с турками, но в то, что наш фрегат мог спустить флаг перед противником, не мог поверить никто. Смущало и место, где был пленен фрегат. По всем расчетам, у Пендераклии «Рафаил» просто не мог находиться, так как должен был направляться совсем в другую часть Черного моря, где появление линейных сил турецкого флота почти исключалось. В ответном письме адмирал Грейг попросил Гибша, чтобы Стройников, старший офицер фрегата капитан-лейтенант Киселев и поручик корпуса флотских штурманов Поляков представили подробное объяснение об обстоятельствах сдачи ими фрегата. Затем больше месяца о «Рафаиле» не было никаких сведений.
А 24 июня на флот доставили высочайший указ от 4 июня 1829 года относительно пленения «Рафаила». В императорском указе адмиралу Грейгу после слов восхищения подвигом экипажа и командира брига «Меркурий» содержались гневные выражения в адрес капитана 2-го ранга Стройникова: «Вместе с донесением вашим о блистательном подвиге брига “Меркурий”, мужественно вступившего в бой с двумя неприятельскими линейными кораблями, предпочитая очевидную погибель бесчестию плена, получил я прилагаемый при сем рапорт командира фрегата “Рафаил” капитана 2-го ранга Стройникова. Вы увидите из сей бумаги, какими обстоятельствами офицер этот оправдывает позорное пленение судна, ему вверенного, выставляя экипаж оного воспротивившимся всякой обороне; он считает это достаточным для прикрытия собственного постыдного малодушия, коим обесславлен в сем случае флаг Российский. Разделяя справедливое негодование, внушенное без сомнения всему Черноморскому флоту поступками, столь недостойными оного, повелеваю вам учредить немедленно комиссию, под личным председательством вашим, для разбора изложенных капитаном Стройниковым обстоятельств, побудивших его к сдаче фрегата. Заключение, которое комиссиею сделано будет, вы имеете представить на Мое усмотрение. Уповая на помощь Всевышнего, пребываю в надежде, что неустрашимый флот Черноморский, горя желанием смыть бесславие фрегата “Рафаил”, не оставит его в руках неприятеля. Но когда он будет возвращен во власть нашу, то почитая фрегат сей впредь недостойным носить флаг русский и служить наряду с прочими судами нашего флота, повелеваю вам предать оный огню».
