Положение Хаусхоферов еще более ухудшилось в 1944 году. Несмотря на то что сводки с фронтов не вызывали особого восторга, Карл и Марта Хаусхоферы пытались как-то утешить себя, работая на земле, ухаживая за деревьями, восторгаясь окружавшей их природой и ландшафтами. В какой-то момент к ним внезапно вернулся сын, после чего они были вынуждены вновь попрощаться с Альбрехтом. Он прибыл к родителям 20 июля 1944 года, как раз в тот день, когда в ставке «Вольфшанце» произошло неудачное покушение на Гитлера. Заговор военных (операция «Валькирия») был сорван. Альбрехт поддерживал заговорщиков, но не принимал никакого участие ни в подготовке покушения, ни в самом заговоре. Карл Хаусхофер был и вовсе не причастен к этим событиям. Он настолько растерялся, когда узнал о покушении, что не мог сказать ни слова. Впрочем, это не помешало гестапо заподозрить его в причастности к заговору, что в итоге привело к аресту младшего сына, Хайнца, и его жены. Агенты гестапо появились в имение Хаусхоферов ранним утром 23 июля 1944 года. Они провели обыск, но не смогли найти никаких улик. Тем не менее это не помешало им без указания каких-либо причин арестовать Карла Хаусхофера. Через несколько дней с матерью связался Альбрехт Хаусхофер, продолжавший скрываться от полиции. Он заявил, что понятия не имеет, почему был арестован отец, который никогда не был причастен к деятельности политических оппозиционеров. Альбрехт Хаусхофер был арестован в окрестностях Партенкирхена 7 декабря 1944 года.
Сам же Карл Хаусхофер в августе 1944 года оказался в концентрационном лагере Дахау. Он находился не с основной частью заключенных, а потому его пребывание в лагере рассматривалось как «почтенный арест». 27 августа 1941 года Марта Хаусхофер прибыла в лагерь, чтобы поздравить своего супруга с 75-летием. Она отметила, что буквально за несколько недель ее муж очень сильно постарел и осунулся. Карл Хаусхофер был отпущен на свободу столь же неожиданно, как и арестован. Произошло это 31 августа 1944 года. Не исключено, что свою роль сыграло письмо, которое из лагеря Хаусхофер-отец направил Гитлеру. В нем он вспоминал, как когда-то фюрер преподнес ему «Майн кампф» с личным посвящением «Великому немецкому геополитику». Кроме того, он заявлял о том, что направить его за колючую проволоку было давнишней мечтой Черчилля и Рузвельта, а потому не стоило им подыгрывать в этих желаниях.
В эти дни супруги Хаусхофер не на шутку были обеспокоены судьбой своих детей. От Альбрехта не поступало никаких известий. 19 августа был арестован младший сын — Хайнц. В сентябре 1944 года его направили в Берлин в тюрьму Моабит. После этого была арестована его супруга — Луиза. Ее продержали под арестом шесть дней, после чего выпустили на свободу. Однако 17 октября она была арестована еще раз. В то же самое время дома у Хаусхоферов был произведен третий обыск.
