Казалось бы, проблема с происхождением Марты Хаусхофер была решена. Однако она вновь дала о себе знать, когда Карл Хаусхофер в соответствии с требованиями Закона «О восстановлении профессионального чиновничества» стал заполнять анкеты в университете. В них он был обязан указать «неарийское» происхождение своей супруги. В этих условиях ему пришлось вновь обратиться за помощью к Рудольфу Гессу. В одном из писем он просил дать своего рода «доверенность», которая бы подтверждала, что семья Хаусхофер вела «арийский образ жизни». Подобного рода документ мог позволшь и самому Карлу Хаусхоферу, и его сыновьям рассчитывать на продолжение работы в высшей школе. В июле 1934 года Рудольф Гесс направил в соответствующие инстанции письмо, в котором заявлял, что профессор Хаусхофер должен был продолжить свое преподавание, несмотря на то что его супруга не была «стопроцентной арийкой». Кроме того, указывалось на то, что Карл Хаусхофер был не просто ветераном Первой мировой войны, но и полностью разделял национал-социалистическое мировоззрение. На самом деле треволнения семьи Хаусхофер, связанные с национальностью отца Марты, на этом не закончились. В 1935 году новая университетская администрация вновь стала предъявлять претензии. На этот раз под удар попал не только Хаусхофер, но и профессор Эрих фон Дригальски. Сам же Карл Хаусхофер (в характерной для него манере) прореагировал очень импульсивно. Он пригрозил, что прекратит любую общественную и научную деятельность, если не закончатся нападки на его супругу. На этот раз уже самому Гессу пришлось вмешиваться в ситуацию, чтобы потушить огонь начинавшегося пожара.
Если же описывать саму преподавательскую деятельность Карла Хаусхофера в 30-е годы, то в его ведении оказалось множество общественных структур. Сам он совершал массу командировок и поездок по стране. Карл Хаусхофер стал очень сильно уставать. Его единственным утешением было неуклонно растущее количество слушателей, которые приходили к нему в лекционный зал. 1 октября 1937 года он праздновал 50-летие своей профессиональной деятельности. В этот день проректор Мюнхенского университета был вынужден вручить пожилому профессору поздравительный адрес, который пришел от Адольфа Гитлера. Свою последнюю лекцию в университете Карл Хаусхофер прочитал 13 февраля 1939 года. Он прощался с преподавательской деятельностью, которой посвятил 20 лет. За это время он смог вырастить несколько талантливых учеников. Как уже подчеркивалось ранее, Хаусхофер без проблем мог найти контакт с молодежью. Он всегда поощрял свободу мысли, призывая своих студентов открыто высказываться по той или иной проблеме. Он всегда видел в них равноправных участников дискуссии. Однако его коллеги, во многом завидовавшие успеху Хаусхофера, никогда не признавали его серьезным исследователем. Для них он был всего лишь одаренным и высокообразованным генералом, но отнюдь не ученым. Сам Хаусхофер никогда не скрывал, что ему недоставало научной самокритики, что он выступал в первую очередь в качестве политического активиста и «народного воспитателя». По этой причине в самом конце своей академической карьеры он характеризовал себя прежде всего как «журналиста, издателя и строительного подрядчика» (он имел в виду строительство его нового семейного дома). После окончания Второй мировой войны американские оккупационные власти лишили его профессорской пенсии, фактически оставив без средств к существованию. Отказав Хаусхоферу в его научных заслугах, американцы фактически толкнули пожилого человека к самоубийству.
