25 июля 2006 года Бежуашвили, в связи с заявлением бывшего полпреда президента Грузии в Кодорском ущелье Эмзара Квициани о неподчинении центральным властям, сообщил журналистам, что в Кодори будет проведена полицейская операция. При этом Бежуашвили особо подчеркнул, что операция будет именно полицейская, а не военная. Кроме того, он сообщил, что Тбилиси категорически исключает возможность проведение любой — полицейской или военной — операции на территории Абхазии.
24 января 2008 года исполняющий обязанности премьер-министра Грузии Владимир Гургенидзе представил новый состав правительства. Бежуашвили в состав правительства не вошел, заявив о намерении уйти в частный бизнес. Вместо него внешнеполитическое ведомство возглавил экс-госминистр по урегулированию конфликтов Давид Бакрадзе. СМИ отмечали неожиданность этой замены.
По некоторым данным, Бежуашвили на пост руководителя грузинской разведки лоббировали американцы. Перед ним была поставлена задача коренным образом и в кратчайшие сроки реформировать эту организацию, по существу приспособив ее к требованиям и задачам ЦРУ. По мнению западных экспертов, советникам из Лэнгли в достаточной степени удалось сконцентрировать усилия грузинских «рыцарей плаща и кинжала» на разработке первоочередных объектов их разведывательного интереса. Речь идет о мятежных автономиях — Абхазии и Южной Осетии, а также южных районах России. Прежде всего, естественно, уделяется внимание размещенным там элементам военной инфраструктуры, энергетическим и транспортным коммуникациям.
Разведчики США активно работают в Грузии с момента развала Советского Союза. Ибо уже тогда Вашингтон задался целью застолбить на Кавказе свои военно-стратегические и экономические позиции, до предела минимизировать, а лучше и вовсе свести к нулю роль и влияние России в этом регионе. Именно США формируют и обучают по натовским образцам вооруженные силы Грузии, направляют наемников и инструкторов, оплачивают поставки современной боевой техники и оружия. Финансовые расходы на силовые ведомства страны со времени захвата власти группировкой Саакашвили растут самыми высокими темпами в мире. При этом немалая часть денежных средств тратится на развитие и укрепление спецслужб, осуществление диверсионных операций. Теперь американцы не просто «работают» в республике — они стали ее теневыми «начальниками»: ведь без их санкции или молчаливого одобрения «розовое» руководство не отважилось бы на военную авантюру в Южной Осетии.
