С 1994 года, после того, как департамент по охране государственной границы получил статус государственного и стал независимой структурой от Минобороны, Валерий Чхеидзе был назначен председателем департамента.
В этот период произошли серьезные изменения в охране президента Грузии. После Вахтанга Кутателадзе службу госохраны (аналог российского ФСО) возглавил Сулхан Папашвили. Полковник, никогда в КГБ или других силовых структурах не работал, бывший работник Совета Национальной Безопасности Грузии, ранее курировал силовые структуры и, по данным грузинских СМИ, «человек» Н. Саджая. Спецслужба была представлена 8 управлениями:
• охраны Президента;
• аппарат руководителя службы;
• финансово-хозяйственное;
• внешней охраны;
• дипломатического корпуса;
• оперативное;
• спецсвязи;
• подразделение специального назначения.
Служащие охраны, в отличие от других сотрудников спецслужб, находились в более привилегированном положении, так как им (кстати, с нарушением законодательства) была предоставлена возможность заключать контракты по охране иностранных миссий и частных или государственных коммерческих учреждений. Государственная охрана ответственна за безопасность нефтепровода Баку — Супса. В охране были призывники, которые в отличие от своих коллег из других силовых ведомств регулярно получали зарплату и могли ночевать дома в свободное от службы время. Особо привилегированные офицеры охранного ведомства имели свой небольшой бизнес, платя покровительством во взаимоотношениях с президентской администрацией и правоохранительными/налоговыми органами.
За 10 лет правления Шеварднадзе экономическая ситуация в стране не улучшилась, скорее наоборот. Абхазия, Южная Осетия и Аджария, как и многие регионы внутри собственно Грузии, к мнению Тбилиси прислушивались мало, а президент чересчур увлеченно занимался геополитикой. Страна катилась в пропасть, а Шеварднадзе всеми силами цеплялся за власть, хотя бы над столицей. В 2001 году правящая партия развалилась, а «молодые реформаторы» во главе с экс-спикером Зурабом Жвания перешли в оппозицию. На парламентских выборах 2003 года против президента выступили и «молодые реформаторы» (во главе с Жвания, спикером парламента Ниной Бурджанадзе и экс-министром юстиции Михаилом Саакашвили), и пресса, и — самое главное — его заокеанские друзья. Выборы были объявлены сфальсифицированными, в Тбилиси начались демонстрации и после короткого, но жесткого противостояния 75-летний Эдуард Шеварднадзе 23 ноября уходит в отставку.
