После сокрушительного военного разгрома грузинское правительство попыталось организовать на территории Абхазии партизанскую войну. На официальном уровне этот факт всегда отрицался, но спецслужбы Грузии помогали партизанской группе Дато Шенгелия. Снабжали их оружием, диверсионными устройствами. Обучали их диверсионному делу.
Кроме того, сотрудники МГБ занимались поиском бывшего президента Грузии Гамсахурдия. Одно из спецподразделений МГБ вышло на его след. Сотрудники спецслужб окружили местность, где он находился. И. Гиоргадзе позвонил Эдуарду Шеварднадзе и сказал: «Завтра я могу провести спецоперацию и задержать Звиада Гамсахурдия». На что он получил ответ: «Живой он Грузии не нужен». То есть, грубо говоря, Шеварднадзе дал приказ об уничтожении. И. Гиоргадзе отказался выполнить приказ.
Уже после этого — в ночь с 31 декабря 1993 года на 1 января 1994 года — Звиад Гамсахурдия якобы покончил с собой. В январе удалось найти место его захоронения — в хозяйственной постройке одного из селений Мингрелии. Была создана правительственная комиссия, в которую вошел вице-премьер Грузии, ведущие министры и глава прокуратуры. Эта комиссия вынесла заключение о том, что Звиад Гамсахурдия покончил с собой. Подписи поставили все, кроме И. Гиоргадзе. Он настаивал, что даже при поверхностном осмотре входящего и выходящего отверстий в голове экс-президента можно было сделать вывод — это было убийство, а не самоубийство.
На какое-то время Гиоргадзе казался сильнейшим политическим игроком в Грузии, но в стране со многими конкурирующими кланами (в том числе и силовыми министерствами), где правит искушенный в политике «разделяй и властвуй» президент, такое положение было трудно сохранить. Гиоргадзе распрощался с властью наряду с лидером «Мхедриони» Джаба Иоселиани. После этого наступил черед верховенства МВД. Десантно-штурмовая бригада была переподчинена непосредственно руководству МВД, а потом стала частью внутренних войск, которые также входят в систему МВД.
Уже начиная с 1994 г. И. Гиоргадзе вступил в конфликт с Эдуардом Шеварднадзе. Сам Гиоргадзе объясняет свой конфликт так: «С 1994 года расхождения во взглядах на то, как должна строиться Грузия, между мной и Эдуардом Шеварднадзе достигли апогея. На ноябрь 1995 года были назначены президентские выборы. По рейтингам, проведенным в апреле — мае, я намного опережал Эдуарда Шеварднадзе — так же, как опережали его Аслан Абашидзе и бывший первый секретарь ЦК Компартии Грузии Джумбер Патиашвили.
