Эшелонирование обозов носило беспорядочный характер. Скопление огромного количества повозок в ближайшем тылу при беспрерывных отступлениях создавало частые заторы. Обозники-китайцы после неудачного боя в панике бросались в тыл, а повозки увязали в глубоких колеях неблагоустроенных манчжурских дорог.
Богатые продовольственные ресурсы Манчжурского театра в первый период войны из-за незнакомства русских интендантов с местностью не были использованы, что вызвало излишнюю перевозку крупных запасов продовольствия по железной дороге. В то время как Манчжурия имела значительные запасы муки, из Центральной России перевозили в Манчжурию миллионы пудов муки и зерна. Были даны заказы на продовольствие даже в Америку, и хотя оттуда ничего доставлено не было, зато царские интенданты и американские хлебные дельцы на этом деле основательно заработали. В дальнейшем заготовка продовольствия из местных средств производилась также непосредственно войсками. Заготовка эта происходила весьма хаотически и нередко переходила в грабеж, возмущавший местное население. Возмущение населения заставило русское командование перейти к довольствию из расходных магазинов, расположенных за войсками на расстоянии одного перехода и пополнявшихся из харбинского тылового магазина. Чрезмерное скопление продовольственных магазинов и вещевых складов в ближайшем тылу, вызванное опасением перерыва железной дороги, зачастую отдавало их в руки японцев (Ляоян, Мукден).
Несмотря на личные заботы Куропаткина о снабжении войск, хлеб иногда доставлялся в войска с плесенью, что вызывало острожелудочные заболевания. В общей сложности русская армия на театре войны потеряла умершими от болезней около 13 000 человек, кроме множества признанных негодными к дальнейшей службе в войсках.
Организация артиллерийского снабжения давала перебои, несмотря на завал снарядов в Харбине.
Недостатка в вещевом снабжении не было, однако японцы не без основания называли русских солдат оборванцами и нищими. Это объясняется не столько отсутствием предметов вещевого снабжения, сколько их качеством. Например, поставляемая интендантством обувь была такого качества, что приходила в первые же дни носки в полную негодность.
Что касается организации санитарного дела в царской армии, то русская военная литература пестрит хвалебными отзывами по адресу военно-санитарного ведомства, руководимого бывшим губернатором Треповым, однако иностранные источники говорят совершенно другое. Вот что, например, говорил один германский корпусной врач: «В свое время мы приходили в ужас от порядков в зимний поход русской армии 1877–1878 гг., но то, что теперь происходит на русской стороне в Манчжурии, еще гораздо хуже».
