Александр Алексеевич Жданов родился в селе Руднево 6 сентября (по старому стилю[2]) того же 1860 года, когда его отец стал местным приходским священником. Начальное образование сын священника получил в Данковском духовном училище Рязанской епархии. Духовные училища, занимая промежуточное положение между церковно-приходской школой и семинарией, предназначались «для первоначального образования и подготовления детей к служению православной церкви», получаемое образование примерно соответствовало первым четырём классам гимназии.
Данковское духовное училище располагалось за чертой уездного города Данкова (тогда — Рязанской губернии, ныне — Липецкой области) в северной части Покровского монастыря, основанного ещё в XVI веке боярином Телепнёвым-Оболенским на правом берегу верховьев реки Дон. Училище было подчинено ведению Рязанской духовной семинарии, которая, в свою очередь, входила в округ Московской духовной академии. По окончании Данковского училища четырнадцатилетний Саша Жданов и поступил в Рязанскую семинарию. Вступительные экзамены для таких абитуриентов проходили без всяких формальностей прямо на квартире у ректора семинарии.
История Рязанской духовной семинарии восходит к цифирной школе, основанной местоблюстителем Патриаршего престола митрополитом Рязанским Стефаном Яворским ещё во времена императора Петра I. В 70-е годы XIX века в Российской империи насчитывалось четыре десятка подобных семинарий, по одной в каждой епархии Русской православной церкви.
Рязанская семинария располагалась тогда на окраине города в Троицком монастыре. Это было сословное учебное учреждение, и подавляющее большинство из нескольких сотен семинаристов составляли дети священнослужителей, в основном сельского и куда реже — военного духовенства; кроме них было совсем немного детей мелких чиновников.
Срок обучения составлял шесть лет — три отделения с двухгодичным курсом каждое: низшее, среднее и высшее. Основными предметами семинарского образования считались богословие, философия и словесность, по которым высшее отделение называлось «богословским», среднее — «философским», низшее — «риторикой». Все шесть лет в семинарии преподавали Священное Писание и греческий язык. По выбору семинаристы изучали французский или немецкий язык, ученикам высшего отделения также преподавался древнееврейский язык. В первый год обучения семинаристы обучались иконописи, а в старших классах изучали основы педагогики, что позволяло по окончании семинарии преподавать в начальных учебных заведениях.
