Хотя благодаря этим блестящим экспериментам первый раунд остался за Пастером, соревнование на этом не закончилось. Пионеры производства консервированных продуктов стали утверждать, что разложение продуктов происходит даже при малейшем попадании на пищу кислорода. Перед Пастером возникла довольно сложная задача. Ранее он полагал, что различные типы микроорганизмов приводят к различным видам разложения и брожения. Но как быть с Пуше и изготовителями консервов, утверждавших, что достаточно небольшого количества кислорода или воздуха, чтобы возникла новая жизнь, он пока не знал. Он лишь сомневался в том, что в таком небольшом объеме газа может поместиться столько различных типов микроорганизмов.
В ноябре 1860 года Пастер попытался разрешить это противоречие, для чего ему пришлось подняться на 2000 метров над уровнем моря и оказаться на леднике Мер де Гляс в Альпах. Предположив, что количество микроорганизмов в воздухе меняется в зависимости от плотности органического вещества в окружающей среде, он провел несколько недель, размещая на разных высотах предварительно стерилизованные сосуды, наполненные кипяченой подслащенной водой с небольшим количеством дрожжей. Последний комплект сосудов он разместил на самом леднике. Все выставленные сосуды были потом запаяны и помещены в термостат, где поддерживалась температура, оптимальная для роста микроорганизмов. Как и предполагал Пастер, чем меньшему воздействию микробов подвергалось содержимое сосуда, тем меньше в нем было брожения. На вершине ледника Мер де Гляс одного кислорода было недостаточно для того, чтобы началось брожение. Пуше подвергся публичному унижению еще раз.
Но даже тогда Пуше и его сторонники не признали поражения. Они просто заявили, что из-за перегрева подсахаренных, содержащих дрожжи растворов, которые использовались на леднике Мер де Гляс, произошло разрушение «вегетативных сил», необходимых для создания новой жизни. В 1863 году, проявив невиданное техническое мастерство, Пастер собрал кровь и мочу непосредственно из вен и мочевого пузыря здорового крупного рогатого скота. Эти среды не требовали стерилизации путем нагрева, но, как и в прежних его экспериментах, микроорганизмы появились только в тех сосудах, где имелся доступ атмосферного воздуха. Год спустя в актовом зале Сорбонны Пастер нанес удар, который многие посчитали coup de grace[2] Вернувшись к экспериментам Пуше со стерилизованным сеном и кюветами ртути, Пастер доказал: несмотря на то что его оппонент принял все меры к стерилизации органического материала и использовал неатмосферный воздух, он недостаточно внимательно отнесся к другому возможному источнику заражения, а именно к ртути. Продемонстрировав присущую ему виртуозность, Пастер представил экспериментальное доказательство того, что в опытах Пуше ртуть оставалась в контакте с атмосферным воздухом и, следовательно, явилась переносчиком микробов.
