У ответственных лиц в арабском мире боевые акции, проведенные Аль Фатах, не вызвали восторга. Египетский генерал Амер, который был тогда главнокомандующим Объединенными арабскими вооруженными силами, включавшими армии всех прифронтовых арабских государств, потребовал от государств вокруг Израиля, парализовать активность боевиков. Израиль подобными булавочными уколами, которыми они считали взрывы мостов и силосных складов, будет только спровоцирован на ответные удары, которые ослабят боеспособность и боеготовность Аравии.
Ахмед Шукейри совершенно открыто от имени ООП осудил Фатах. Он даже сказал, что Аль Фатах следует назвать врагом палестинского народа, поскольку эта организация занимается распылением боеспособных сил.
После военного 1956 года израильская армия больше не проводила налетов на иорданскую территорию. Однако 27 мая 1965 года израильские вооруженные силы пересекли границу и атаковали базы Фатах в окрестностях Дженин и Калкилии. Этот ответный удар стал для иорданского правительства поводом для ареста членов Фатах. Вскоре более сотни членов организации сидели в тюрьмах короля Хусейна.
То, что в Аль Фатах иногда попадали мошенники, было неизбежно. Кое-кто, заинтересованный лишь в деньгах, зарывал в пограничных районах взрывчатку, которую ему доверили. Бывало, что такой человек на следующее утро возвращался и сообщал о подвигах, которые он совершил на вражеской территории. Достаточно часто Аль Фатах включала донесения таких мошенников в свои победные коммюнике, а затем ей приходилось мириться с тем, что Израиль объявлял организацию несуществующей. В некоторых случаях израильская пропаганда даже предъявляла фотографии якобы разрушенных объектов, которые показывали, что им вообще не нанесен ущерб.
В феврале 1966 года Ясир Арафат и некоторые ведущие члены руководства Фатах были арестованы в Дамаске. Сирийская тайная полиция в лице офицера Юсефа Ураби обвинила Арафата и других арестованных в том, что они отдали приказ расстрелять двух членов собственной организации, поскольку те протестовали против партизанских акций. Обвинение было серьезным.
Личность Арафата была в это время почти неизвестна руководству в Дамаске. Публичных выступлений он избегал, от общения с правящими кругами уклонялся. Впрочем, однажды, в 1965 году, он уже был арестован. Его обвиняли в налете на нефтепровод, который пересекает Сирию со стороны Саудовской Аравии в направлении средиземноморского побережья Ливана. Тогда Арафат был быстро выпущен на свободу. На этот раз он также недолго пробыл в тюрьме. Арафат оценил арест как попытку поставить Аль Фатах под контроль партии Баас, правящей в Сирии.
