В последний период существования в Египте королевской власти в Каире появилось множество политических групп различной окраски. Программа каждой обещала грядущее величие Аравии. Как рецепт спасения предлагался социализм партии Баас. Коммунисты, арабские националисты и исламистски ориентированные группировки считали, что знают выход из состояния депрессии, в которой находился арабский народ после неудачного похода на Израиль. Арафат не интересовался идеологией этих групп и не вступил ни в одну из них. Он видел цель и считал, что сможет объединиться со всеми направлениями, чтобы достичь ее.
Арафат был выдвинут независимым кандидатом в президиум студенческой организации, сооснователем которой он был, и большинством был избран, наконец, ее президентом. Заместителем стал студент Абу Аяд, который впоследствии стал одним из важнейших сотрудников Арафата.
До 1956 года Арафат оставался президентом палестинского союза студентов. Ему удалось установить контакты со студенческими организациями восточного блока. В 1954 году он поехал в Варшаву на заседание Международного союза студентов. Его друзья говорят, что тогда он обручился с полькой.
Он охотно поддерживал бы отношения и с Западом — но западноевропейцы не приглашали его. Восточные контакты Арафата вызвали у египетской тайной полиции подозрение в том, что он коммунист. Гамаль Абдель Насер, который сам лишь по необходимости сделал Советы своим партнером, считал нежелательным углубление этих отношений. В досье тайной полиции Арафат фигурировал с тех пор как опасная личность.
Дальнейшие неприятности с правительством Насера не заставили себя долго ждать. Арабская лига до 1952 года поддерживала нуждающихся палестинских студентов из совместного фонда всех арабских государств. Поскольку студенты были из семей беженцев, все они были бедны. Следовало заботиться о нескольких сотнях молодых людей и женщин в Каире. Необходимые для этого деньги складывались в значительную сумму. Чтобы облегчить это бремя, секретариат Арабской лиги постоянно пытался снизить выплаты студентам. Окончательно отменить пособия собирались в ноябре 1952 года.
Студенты, которые не имели других источников дохода, сопротивлялись. Они заняли здание Арабской лиги. Египетская полиция, по долгу службы защищавшая здание, вытеснила из него студентов. Ясир Арафат после этого инцидента считался в Каире возможным нарушителем спокойствия. Руководимая Арафатом организация открыто призывала к свержению правительства Насера, когда в феврале 1955 года бригада израильской армии вторглась в сектор Газа, где проживали палестинцы, не получив отпора от египетских войск.
