Основная программа ГСИ была дополнена специальными испытаниями на грунтовых и заснеженных аэродромах. Проводилось сравнение проходимости самолетов Як-40 и Ли-2, исследования нагрузок, действовавших на агрегаты планера Як-40 при эксплуатации на грунтовых и бетонных ВПП, летные испытания Як-40 на больших углах атаки. Кроме того, проверялись характеристики устойчивости и управляемости на предпосадочном планировании; проходила отработку опытная противообледенительная система в условиях естественного обледенения; испытывалась эффективность доработок, проведенных ОКБ по замечаниям ГСИ, другие работы. В общей сложности на всех самолетах было выполнено 549 полетов с общим налетом 439 ч 30 мин.
Акт № 11.23-ЯК-40/68 по результатам ГСИ Як-40 был утвержден министром гражданской авиации Е.Ф. Логиновым и министром авиапромышленности П.В. Дементьевым 30 сентября 1968 г Самолет испытания выдержал и был рекомендован для принятия на снабжение в МГА после выполнения некоторых доработок, указанных в акте. Акт также предписывал ОКБ провести мероприятия по обеспечению эксплуатации самолета на грунтовых аэродромах с размокшим верхним слоем, ускорить предъявление МГА самолета Як-40 с малогабаритным спецоборудованием и туристского варианта машины. Кроме того, предлагалось обязать ОКБ ввести в серию на Як-40 реверсивные тормозные щитки с реверсированием тяги на среднем двигателе.
Эксплуатационные испытания Як-40 прошли с 6 мая по 26 августа 1968 г на базе Московского управления спецприменения и МВЛ (аэропорт Быково). В них участвовали четыре Як-40 с бортовыми номерами СССР-87671, -87672, -87673 и -87674 (№N9 06, 07, 08 и 09 нулевой серии). Их общий налет за четыре месяца составил 1684 ч 53 мин при 1889 посадках. Несмотря на выявленные дефекты, было признано, что Як-40 эксплуатационные испытания прошел удовлетворительно. В целом, «яковлевцам» удалось реализовать концепцию, сформулированную перед началом создания машины, и на местные авиалинии выходил современный, надежный и при этом относительно простой лайнер.
Фактически одновременно с Як-40 проходил испытания и новый двигатель АИ-25. В справочнике «Двигатели 1944–2000» отмечается: «впервые в практике отечественного авиастроения этот двигатель в составе Як-40 прошел весь комплекс летных и сертификационных испытаний на соответствие зарубежным нормам лётной годности. Ведущий конструктор К. М. Валик за создание АИ-25 был удостоен Ленинской премии».
