Писатель обратил особое внимание на две важнейшие эпохи чешской истории — эпоху национального пробуждения и эпоху гуситского революционного движения.
Эпохе гуситского революционного движения Кратохвил посвятил ряд рассказов, сценариев и романов. Рассказы о народном трибуне — гуситском проповеднике Яне Желивском «Капеллан из Желива» и «Кровавый священник» (1946) — первое свидетельство об отказе писателя от старых художественных критериев и об овладении новыми. В духе нового миропонимания написаны Кратохвилом биографии Яна Гуса и его великих последователей — Яна Жижки и Яна Желивского.
Вместе с режиссером О. Ваврой писатель создал по мотивам произведений А. Ирасека ряд сценариев известных советскому зрителю фильмов. «Ян Гус», «Ян Жижка», «Старинные чешские сказания», «Против всех» и другие.
Для детей Кратохвил написал «Гуситскую хронику». Это — книга рассказов о Яне Гусе и его последователях.
В романе «Магистр Ян» автор изображает начальный период гуситского революционного движения; роман состоит из двух книг — «Магистр Ян» (1951) и «Факел» (1950). В них повествуется о мужественном подвиге великого борца и мыслителя. В первой книге показана деятельность Гуса на фоне классовой борьбы в Чехии, во второй описывается церковный суд над героем в Констанце. Процесс Гуса длился четыре дня, а заседания собора — четыре года. Влияние их на последующие события оказалось обратно пропорциональным: осуждение и смерть Гуса послужили началом чешской драмы, потрясшей всю Европу, а заседания собора оказали на развитие европейских дел незначительное влияние.
В художественном воспроизведении Кратохвила Ян Гус — титан по силе мысли, страсти и учености. Многогранность интересов и сильный характер свойственны цельной, волевой и жизнедеятельной натуре великого гуманиста. Гус — ученый, преподаватель, богослов, писатель, проповедник и народный трибун. Он — автор многих трактатов, песен и проповедей. Мы видим Гуса среди студентов, которым он диктует свой антипапский памфлет, слышим речь против индульгенций на совете профессоров университета, искреннюю беседу со своими коллегами в мензе, задушевный разговор с пражскими ремесленниками, проповеди в Вифлеемской часовне и под липой, среди баварских крестьян и констанцских ремесленников, его мужественные ответы прелатам-инквизиторам. Перед кем бы поборник правды ни выступал, везде он отстаивал интересы народа. Гус, как многие великие люди средневековья, был искренне верующим, набожным человеком. Однако это не помешало ему выступить против церковных порядков. Отстаивая догмы «Священного писания», он одновременно защищал свой народ от поборов помещиков, попов и Ватикана. Во время господства религиозной формы идеологии Гус использовал «Священное писание» как оружие против угнетателей своего народа. Это поняли и его враги: кардинал Забарелла упрекает магистра в «буквальном» понимании им библейских заповедей.
