Через несколько дней, «в неделю, на пятый день после великого пожару», то есть в воскресенье 26 июня, на площади перед Успенским собором в Кремле бояре собрали «черных людей», чтобы выяснить: «Кто Москву зажигал?» Собравшиеся поведали о «волховстве» Анны Глинской «с детьми», княгиня будто бы вынимала сердца у людей, клала их в воду, а тою водой окропляла Москву, и оттого Москва сгорела: «княгиня Анна сорокою летала да зажигала». Разумеется, у подозрений народных, помимо мистической, была и вполне реальная основа, которую назвал летописец: «И сие глаголаху чернии людие того ради, что в те поры Глинские у государя в приближение и в жалование, а от людей их черным людем насилство и грабеж, они же их от того не унимаху». Убежденность в том, что причина пожара — козни Глинских, была единодушной, и проводившие расследование рассудили, подобно римлянам, что «глас народа — глас Божий».
В городе, лежащем в руинах и черном от недавнего пожара, направить народный гнев в нужное русло было не трудно, и бояре, как считает летописец, «наустиша черни» на Глинских. Дядя царя Михаил Глинский был в то время во Ржеве, и гнев народный обрушился на его брата Юрия Глинского. Впав в озлобление и неистовство, толпа растерзала его прямо в Успенском соборе, а затем кинулась грабить дворы Глинских и убивать их людей. Через три дня охваченная безумием толпа явилась в село Воробьёво, «глаголюще нелепая», требуя у царя выдачи его бабки Анны Глинской и дяди Михаила, которых царь якобы прятал у себя. Иван IV приказал схватить и казнить крикунов, пресекая бунт.
Юный царь, получивший в наследство права государя всея Руси, едва вступал на дорогу самостоятельного правления. Однако многие исследователи эпохи Грозного отмечают резкую перемену, происшедшую в царе после московского пожара. Он и сам, спустя несколько лет, скажет об этом: «…вниде страх в душу мою и трепет в кости моя, и смирися дух мой и умилихся, и познах своя согрешения». Пожар ли, испытанный ужас от народного гнева, осознание ли своей высокой миссии как помазанника Божия, который не должен уподобляться соперничающим у трона за милость правителя, были тому причиной, — можно только гадать. Как бы то ни было, но восстание 1547 года положило конец злоупотреблениям боярских кланов, и через год рядом с царем образовался новый круг людей, который Андрей Курбский назовет «Избранная рада». Входили в «раду» зачинатели многих преобразований в царствование Ивана Грозного.
