Краснознаменный Среднеазиатский военный округ (Казахская, Киргизская, Таджикская ССР);
Краснознаменный Туркестанский военный округ (Туркменская, Узбекская ССР; в т. ч. 40-я общевойсковая армия — основная часть Ограниченного контингента советских войск в Афганистане);
Краснознаменный Уральский военный округ (Коми, Удмуртская АССР, Кировская, Курганская, Пермская, Свердловская, Челябинская области).
Управления Особых отделов в группах советских войск, дислоцированных в социалистических странах Восточной Европы:
Северная группа войск (Польская Народная Республика);
Центральная группа войск (Чехословацкая Социалистическая Республика);
Южная группа войск (Венгерская Народная Республика).
Управление Особых отделов в Группе советских войск в Германии. С 1954 года в составе этого подразделения действовал 3-й отдел (закордонная разведка). Его сотрудники совместно с коллегами из Первого главного управления КГБ и МГБ ГДР сосредоточили свое внимание, прежде всего, на разработке отдельных органов спецслужб Западной Германии и НАТО. Речь шла о внедрении в эти органы (включая шифровальные и дешифровальные) своей агентуры, а также о нейтрализации деятельности и дезинформации технической разведки противника.
Управление Особых отделов в Ракетных войсках Стратегического назначения.
Особые отделы в войсках ПВО Советского Союза.
Особые отделы в ВВС СССР.
Особые отделы в ВМФ СССР:
Дважды Краснознаменный Балтийский флот (Калининград);
Краснознаменный Северный флот (Североморск);
Краснознаменный Тихоокеанский флот (Владивосток);
Краснознаменный Черноморский флот (Севастополь);
Краснознаменная Каспийская флотилия (Баку);
Краснознаменная Ленинградская военно-морская база.
Управление Особых отделов по внутренним войскам МВД СССР — создано 13 августа 1983 года.
Управление «В» (контроль органов МВД) — создано 13 августа 1983 года для контрразведывательной защиты органов МВД. Ранее в соответствии с решением Политбюро ЦК КПСС от 27 декабря 1982 года на укрепление аппарата МВД из КГБ было командировано более 100 офицеров из числа опытных руководящих оперативных и следственных работников.
Четвертое управление КГБ СССР — обеспечение государственной безопасности на транспорте (ликвидировано 5 февраля 1960 года).
Его функции с 25 июля 1967 года по сентябрь 1973 года выполнял 12-й отдел Второго Главного управления, а с сентября 1973 года и по сентябрь 1981 года Управление «Т» Второго Главного управления.
Восстановлено 10 сентября 1981 года Приказом КГБ СССР № 00170 от 10 сентября 1981 года (структура и штат были объявлены Приказом КГБ СССР № 00175 от 24 сентября 1981 года);
