В период борьбы с контрреволюцией ярко проявились его качества как чекиста: мужество, твердая воля, чуткость к людям и непримиримость к врагам. В своей трудной и опасной работе он всегда опирался на помощь трудящихся.
После победоносного вооруженного восстания 15 декабря 1919 года С. М. Аржаков был освобожден из колчаковской тюрьмы и вскоре направлен уполномоченным военно-революционного штаба Красной Армии в Вилюйск. Там под его руководством проводилось расследование по делу заговорщиков, пытавшихся захватить власть. Позднее он возглавил следственную комиссию в Якутске.
Осенью 1921 года началась гражданская война. Группа бывших царских и колчаковских офицеров во главе с Коробейниковым тайно бежала из Якутска и, направляясь на восток, в поселке Нелькан захватила пароходы с грузами, шедшие из порта Аян. Создав белобандитские шайки, они стали угрожать Якутску.
В это тревожное время областная партийная организация направила Аржакова на самый ответственный участок: навстречу бандитам.
В удостоверении, выданном ему в ноябре 1921 года, сказано:
«Предъявитель сего член революционного комитета Якутской губернии тов. Аржаков Степан Максимович назначается представителем губревкома в 1-й особый отряд, направляющийся на борьбу с появившимися в Мае, Амге и Нелькане белыми бандитами.
Тов. Аржакову предоставляется право самостоятельно разрешать все вопросы, связанные с советским строительством, а также все земельные, продовольственные, административные вопросы, распускать и назначать волсельревкомы, судить преступников по должности до применения высшей меры наказания включительно, освобождать от продналогов сельские общества, оказавшие хорошую помощь отряду или попавшие в беду из-за капризов природы.
Тов. Аржакову С. М. предоставляется также право конфискованное особым отрядом на основании приказа № 1350 командарма 5-й армии имущество раздавать волсельревкомам и комитетам общественной взаимопомощи.
Тов. Аржаков свою работу должен вести в соответствии с задачами, возложенными на 1-й особый отряд и в военно-оперативном отношении подчиняться командиру отряда.
Командующий всеми вооруженными силами Якутии С а в л у к.
Председатель Губревкома С л е п ц о в-О й у н с к и й.
Секретарь Губбюро РКП(б) Г. Л е б е д е в».
И эту задачу С. М. Аржаков выполнил успешно.
В отчете о поездке по улусам он сообщал, что побывал в Татте и Чурапче, принял участие в работе съездов Баягантайской и Таттинской волостей, провел несколько митингов, на которых выступал с докладами о внутреннем и внешнем положении Советской России. В соответствии с предоставленным ему правом освободил от продналога Таттинскую, Баягантайскую, Ботурусскую и I Амгинскую волости, создал дружины в Таттинской волости из 22 человек и в Баягантае из 21 человека и передал их в распоряжение военного командования.
