9 сентября 1905 г. адмирал Греве был извещен о высочайше одобренном распределении кораблей. Из них по ратификации мирного договора в Балтийское море уходили "Цесаревич", "Громобой", "Россия", "Богатырь", "Олег", "Аврора", "Диана" и "Алмаз". Во Владивостоке должны были остаться крейсера "Аскольд", "Жемчуг", "Терек", транспорт "Лена", канонерская лодка "Манджур" и все миноносцы. 2 октября из Петербурга уточнили: отряд Владивостокских крейсеров возглавит его командующий контр-адмирал К.П. Иессен (1852–1918), остальные четыре крейсера и "Цесаревич" составят второй отряд под командованием контр-адмирала (еще одна странная карьера) О.А. Энквиста (1849–1912). "Развозку" по кораблям не хватавших офицеров поручали "Алмазу".
На "Цесаревиче" уже к маю 1905 г. из прежнего состава офицеров (люди убывали на лечение после ранений, в отпуск, в командировки, на другие корабли) оставались лишь один представитель штаба — флагманский артиллерист К.Ф. Кетлинский и 12 строевых офицеров: старший офицер Д.П. Шумов, вахтенные начальники лейтенант Б.Н. Кнорринг 2, мичманы Ю.Г. Гадд, Л.А. Бабицын. вахтенные офицеры мичманы М.В. Казимиров, Л.А. Леонтьев, Д.И. Дараган, В.В. Кушинников, ревизор мичман А.А. Рихтер, старший артиллерист лейтенант Д.В. Ненюков, и младший — лейтенант Н.Н. Азарьев. Из механиков оставались (переименованные в начале 1905 г. в военные чины) поручики П.А. Федоров. А.Г. Шплет, Д.П. Остряков, В.К. Корзун.
Прежним оставался и корабельный священник иеромонах Велико-Устюгского Михайло-Архангельского монастыря отец Рафаил. Носитель одного из самых "морских" имен в русском флоте (название "Рафаил" от времен Петра Великого до начала XIX в. имели восемь кораблей под Андреевскими флагами) священник, неотлучно находясь на "Цесаревиче" всю его военную страду, неутомимо исполнял свой долг. В числе лучших священников эскадры он был награжден золотым наперсным крестом.
Команда на корабле ко времени заключения мира насчитывала 754 человека. Должность командира временно замещал командир миноносца "Бесшумный" капитан 2 ранга А.С. Максимов (1866–1951). На телеграфный запрос из Петербурга от 20 августа о готовности и укомплектованности корабля он отвечал, что приемка вооружения и проба машин займут не более двух недель. Миноносцы почему-то признавались неспособными на самостоятельные переходы.
В итоге серии мучительных перебросок с корабля на корабль в обоих отрядах определился и состав кают-компании "Цесаревича". Командиром был назначен (видимо, только на переход) капитан 1 ранга В.А. Алексеев, который в Порт-Артуре командовал канонерской лодкой "Гиляк", старшим офицером капитан 2 ранга А.С. Максимов. Вахтенными офицерами числились лейтенанты Б.Н. Кнорринг. В.И. Дмитриев (1979–1965), переведенный с "Бесшумного", мичман Ю.Г. Гадд. ревизором мичман А.А. Рихтер.
