Во время немецкой оккупации Югославии хорватские усташи пытаются его убить. Он бросает частную практику в провинции и перебирается с семьей в Белград, где работает санитарным врачом. Трушнович сближается с председателем дружественной НТС сербской организации «Збор» Дмитрием Льотичем. После отъезда руководства НТС из Белграда он возглавляет существовавший тогда негласно местный отдел НТС.
В сентябре 1944 г., при подходе советских и титовских войск к Белграду, семья Трушновичей переезжает в Германию по поддельным документам, привезенным из штаба Власова. Трушнович — капитан, затем майор Русской освободительной армии (РОА), заместитель начальника санитарного отдела штаба Вооруженных сил Комитета освобождения народов России (ВС КОНР).
Весной 1945 г. Льотич предлагает генералу Власову идти на соединение с его добровольцами, действовавшими в горах Югославии. В составе делегации РОА Трушнович выезжает к месту встречи, но в Тироле группа узнает о капитуляции Германии.
Война окончена. Освобожденные из лагеря военнопленные французы спешат донести американцам, что прибывшая группа — это якобы переодетые эсэсовцы. Их везут на расстрел, но грузовик разбивается. Тяжелораненый Трушнович попадает в лазарет. Вылечившись, перебирается в лагерь русских беженцев под Зальцбургом, где его находит сын, позднее состоится и встреча с женой. Вместе они переезжают в созданный НТС лагерь беженцев Менхегоф под Касселем. Трушнович активно включается в жизнь лагеря: становится главным врачом, его избирают в СоветНТС (уже не «нового поколения», а «российских солидаристов»). Он председатель Высшего суда совести и чести НТС, постоянный сотрудник «Посева», автор брошюры «Россия и славянство» (1949) и книги «Ценою подвига» (вышедшей посмертно в 1955 г.).
По требованию советских властей американцы выселяют руководство НТС из Менхегофа. Однако Трушнович добивается разрешения городского управления Бад Гомбурга на постройку жилых бараков. Строительный материал достает с помощью служащей американской армии — правнучки известного составителя Словаря русского языка В. И. Даля. Так на окраине Бад Гомбурга возник поселок Солидарск.
В разгар «холодной войны» Западный Берлин, окруженный советской оккупационной зоной, становится «островом свободы». С 1950 г. Трушнович возглавляет там Комитет помощи русским беженцам, который помогал им ориентироваться в незнакомом мире, оказывал помощь при оформлении документов, а порой и материальную поддержку. В 1951 г. в Берлине создается Общество немецко-русской дружбы, которое возглавляли два сопредседателя: обер-бургомистр Берлина Эрнст Ройтер и доктор А. Р. Трушнович.
