Не лучше обстояло дело и в ставке. Начальник штаба верховного главнокомандующего генерал Н. Н. Духонин, самовольно объявивший, себя после бегства Керенского главнокомандующим, отказался выполнить приказ Советского правительства обратиться к военным властям неприятельских армий с предложением приостановить военные действия. Вскоре после этого начальник Генерального штаба генерал В. В. Марушевский вступил в преступные связи с Духониным.
Отдельные чиновники военного министерства и ставки вели открытую контрреволюционную агитацию и пропаганду. Используя свое должностное положение, они пытались сорвать снабжение армии и красногвардейских отрядов, вызвать в их рядах брожение и недовольство. Известен, например, факт, когда работники органов военного снабжения и железнодорожных учреждений дважды гоняли эшелон с продовольствием для красногвардейских отрядов и населения из Саратова в Петроград и обратно, но так и не доставили его по назначению.
Контрреволюционеры и саботажники, засевшие в военном министерстве и ставке, предпринимали попытки использовать армию в вооруженной борьбе против Советской власти. Уже на второй день после штурма Зимнего была перехвачена телеграмма Духонина, в которой командующим всех фронтов приказывалось двинуть войска на Петроград.
Для борьбы с большевиками ставка мобилизовала отдельные ударные батальоны и донское казачество. Саботаж перерастал в открытую контрреволюцию. Лишь разгром отрядов Краснова и бегство Керенского из Гатчины заставили Духонина и других офицеров ставки на время отказаться от открытого «крестового похода» против большевиков.
Настало время пресечь саботаж старого аппарата высших органов военного управления. Вопрос о военном министерстве был вынесен на обсуждение Совета Народных Комиссаров. Совнарком 19 ноября 1917 года постановил немедленно начать чистку всех управлений военного ведомства.
Генералов Маниковского и Марушевского было решено арестовать. Несколько раньше по решению следственной, комиссии Петроградского ВРК были арестованы помощник начальника канцелярии военного министра генерал Лисенко, а также некоторые ответственные военные чиновники. Наркомвоену было предложено вызвать в Петроград для замещения военных должностей надежных офицеров из верных Советской власти частей. Осуществлять непосредственный контроль за деятельностью военного министерства, а также за ходом реорганизации его отдельных звеньев Совнарком поручил членам коллегии Наркомвоена Б. В. Леграну, К. А. Мехоношину и Э. М. Склянскому.
