В 1825 г. Берон покидает Брашов и вместе с сыном Йовановича уезжает в Гейдельберг, чтобы, продолжить свое образование в знаменитом университете. В архивах Гейдельбергского университета сохранились собственноручно заполненные Петром Бероном документы, свидетельствующие о том, что он записался слушать лекции по философии на летний семестр 1825 г. Согласно этим документам, ему исполнилось тогда 26 лет. В Гейдельберге Берон оставался до летнего семестра 1826 г., после чего его имя уже не появлялось в матрикулярных книгах университета. Некоторые из сохранившихся документов показывают, что и здесь Берон испытывает большую нужду в материальных средствах. Это заставляет его часто менять жилье и искать крышу над головой то у помощника университетского прислужника, то в доме простого каменщика, то у кого-нибудь в городском предместье. Он сам готовит себе скудный обед и всячески экономит деньги. В поисках дополнительного заработка Берон с помощью своего товарища, грека по происхождению, издает два словаря, предназначенных для греческих студентов.
Какие-либо иные сведения о студенческих годах Берона, к сожалению, почти отсутствуют. Известно лишь, что в 1826 г. он перебирается в Мюнхен, где начиная с зимнего семестра 1826/27 г. изучает медицину. Выбор этого предмета, вероятно, во многом определялся его увлечением естественными науками. Нельзя сбрасывать со счетов и то обстоятельство, что Мюнхенский университет привлекал большое число прогрессивных студентов своими новыми, передовыми методами обучения, весьма отступавшими от старых традиций Гейдельбергского университета, а также более современной базой для изучения естественнонаучных дисциплин. В списках студентов Мюнхенского университета Петр Берон значился под именем Peter Hadzi Beron. В Мюнхене Берон провел почти пять лет, но об этом пятилетии его жизни сохранились весьма скудные сведения. В то время Мюнхенский университет славился как центр по изучению естественных, и особенно медицинских, наук. Лекции читали выдающиеся ученые, основоположники научных школ.
В формировании мировоззрения Петра Берона немалую роль сыграли лекции знаменитого немецкого философа Шеллинга (1775—1854), который в начале 30-х годов XIX в. заведовал кафедрой философии в Мюнхенском университете. На лекции Шеллинга собирались не только студенты, но и простые граждане, занимавшие самое разное положение в обществе. Естественно, что и Берон не мог остаться в стороне от этого всеобщего увлечения философскими чтениями Шеллинга. Вполне правдоподобным будет предположение о том, что в натурфилософской системе Шеллинга Берон нашел хороший образец для выражения своей любви к древнегреческой философии и для демонстрации тех знаний, которые он получил в Эллинской школе и Гейдельбергском университете. В самом деле, сочинения, написанные позднее Бероном, свидетельствуют об известном влиянии на него взглядов Шеллинга, Это относится в основном к построению самой его натурфилософской системы. Нетрудно заметить и сходство в суждениях обоих натурфилософов о взаимодействии и противоречивости единства положительного и отрицательного зарядов электричества, о полярности магнитных полюсов, об отношении между кислотами и основаниями и т. д.
