В целом программа Гюйссена выглядит логичной и достаточно насыщенной. В отличие от программы обучения царя Фёдора Алексеевича, составленной в духе схоластики с упором на латынь и гуманитарные науки, образование Алексея Петровича должно было иметь практический уклон — основное место уделяется естественным наукам, а изучение латыни не предполагалось вовсе. Главным же недостатком программы является не её содержание, а весьма короткий срок — всего два года, которые барон Гюйссен отводил на её реализацию.
Впрочем, может быть, педантичный немец и преуспел бы в своём деле, если бы не вмешательство царя. Не считаясь с «учебным планом» сына, Пётр вызывает его в действующую армию, для того чтобы тот на деле познал солдатскую науку. Пятнадцатилетним юношей царевич в чине рядового солдата участвует в штурме Ниеншанца (1703 год), и во второй осаде Нарвы (1704 год). Участие в военных действиях одновременно и государя, и наследника престола создавало большой риск для страны, поэтому в дальнейшем царь не привлекал Алексея к участию непосредственно в боевых действиях.
Участие в войне было не единственной причиной, помешавшей царевичу нормально завершить образование. Уже в 1705 году царь отправляет барона Гюссена за границу с дипломатическим поручением, а наследник оказывается предоставлен самому себе. Его «воспитатель» Меншиков занимается строительством Санкт-Петербурга, отец тоже часто находится в отъезде… Чтобы заполнить свободное время, Алексей увлекается токарным ремеслом, к которому был неравнодушен и его отец.
К 1707 году относится первое свидетельство о конфликте отца и сына. Поводом послужило то, что Алексей, несмотря на строгий запрет отца, посетил мать, о чём Петру донесла его сестра царевна Наталия Алексеевна, которой племянник имел неосторожность довериться. Царь жестоко выбранил сына за этот поступок, выразив своё крайнее неудовольствие. Уже это столкновение показывает, насколько по-разному его участники смотрели на одно и то же. Пётр полагал, что, нарушая запрет на посещение его бывшей супруги, царевич бросает ему вызов, пренебрегая царской волей. Алексей, в свою очередь, просто хотел посетить мать, которую очень любил.
Отметим и ещё одну особенность ситуации — царь выражает своё недовольство наследником на основании доноса.
Начиная с 1708 года Пётр поручает Алексею выполнение разного рода заданий, связанных с обеспечением армии продовольствием, набором рекрутов, представительскими функциями и т.д. Как отмечает Н.И. Павленко, в течение десяти лет (1707–1716) переписка между отцом и сыном носит почти исключительно деловой характер. По содержанию писем можно узнать и о полученных царевичем заданиях, и об усердии, с котором он их выполнял. Для нас важно отметить два момента — царевич не был включён отцом в круг своих ближайших соратников, тех, кого потом назовут «птенцы гнезда Петрова», с порученными ему заданиями царевич в целом справлялся — претензии царь высказывал ему редко.
