Все спасательные работы проводились под общим руководством и контролем самого управляющего министерством адмирала П. П. Тыртова, который привлек к этому важнейшему делу известных адмиралов И. М. Дикова, В. П. Верховского и С. О. Макарова, главных инспекторов из МТК Н. Е. Кутейникова, А. С. Кроткова, Н. Г. Нозикова. Непосредственное участие в спасательных работах под руководством Ф. И. Амосова приняли командир броненосца В. В. Линдестрем, младшие помощники судостроителя П. П. Белянкин и Е. С. Политовский, представитель Ревельского спасательного общества фон Франкен и указатель Нового Адмиралтейства Олимпиев, хорошо знавший корабль. Водолазами, работавшими в ледяной воде, руководили лейтенанты М. Ф. Шульц и А. К. Небольсин. Было решено удалить верхнюю часть большого камня с помощью взрывов, разгрузить броненосец, имевший к моменту аварии водоизмещение 4515 т., по возможности заделать пробоину, откачать воду и, используя понтоны, стащить броненосец с мели.
Попытки стащить «Апраксин» с мели по приказанию контр–адмирала Амосова предпринимались дважды: 26 ноября (ледокол «Ермак» плюс полный задний ход «Апраксина») и 9 декабря (то же плюс пароходы «Метеор» и «Гелиос»). После тщательного обследования корпуса и большого камня водолазам стало ясно, что эти попытки заранее обречены на провал.
Затянувшаяся до ледостава борьба с камнями при неудаче попыток сдвинуть «Апраксин» с места буксирами привели П. П. Тыртова к решению отложить его снятие с мели до весны будущего года. Ф. И. Амосова с «Полтавой» и большинством экипажа аварийного корабля отозвали в Кронштадт. Для обеспечения работ были оставлены 36 матросов с боцманом Иваном Сафоновым Опасности разрушения «Апраксина» нагромождением льдов удалось избежать с помощью «Ермака» и укреплением ледяных полей вокруг броненосца. 25 января 1900 г. председатель МТК вице–адмирал И. М. Диков прочел срочную телеграмму из Котки: «Получена Готланда телеграмма без проводов телефоном камень передний удален». Доложив ее П. П. Тыртову, Иван Михайлович получил указание сообщить содержание в редакции «Нового времени» и «Правительственного вестника»: это была первая в истории радиограмма, преданная на расстояние более 40 верст.
К этому времени под шпилем Адмиралтейства созрела мысль поручить дальнейшие работы по спасению броненосца специально назначенному энергичному флагману. Выбор пал на З. П. Рожественского. 22 января 1900 г. начальник ГМШ Ф. К. Лвелан обратился к последнему с письмом:
