Организацию гражданской панихиды и похорон взял на себя Литфонд Союза писателей с привлечением МХАТа и ГАБТа, последнего места работы Булгакова. 11 марта состоялась гражданская панихида в здании Союза советских писателей на Поварской улице.
В речи одного из руководителей МХАТа В. Г. Сахновского были такие слова: «… Художественный театр знает, что искусство сильнее смерти — и для нас Михаил Афанасьевич есть подлинный рыцарь искусства. Мы видим его для нас как художника сложного, острого, мудрого, доброго. И его утрата для нас, конечно, необыкновенно тяжела. Но мы не прощаемся с ним, не расстаемся…»
А в доме Булгакова, посреди безмолвного горя и страшной обыденности похорон, требовательно, словно из другого мира, зазвонил телефон. Подошел друг покойного, Сергей Ермолинский. Звонили из секретариата Сталина: «Правда ли, что умер товарищ Булгаков?» — «Да, он умер». На другом конце провода помолчали и положили трубку.
15 марта в «Литературной газете» появились фотография и некролог: «Умер Михаил Афанасьевич Булгаков — писатель очень большого таланта и блестящего мастерства…» Подпись была одна, коллективная — «Президиум Союза советских писателей».
Тогда же глава ССП А. Фадеев прислал Е. С. Булгаковой письмо, в котором были такие строки: «…Мне сразу стало ясно, что передо мной человек поразительного таланта, внутренне честный и принципиальный и очень умный — с ним, даже с тяжело больным, было интересно разговаривать, как редко бывает с кем. И люди политики, и люди литературы знают, что он — человек, не обременивший себя ни в творчестве, ни в жизни политической ложью, что его путь был искренен, органичен, а если в начале своего пути (а иногда и потом) он не все видел так, как оно было на самом деле, то в этом нет ничего удивительного. Хуже было бы, если бы он фальшивил».
Похоронили Булгакова на Новодевичьем кладбище неподалеку от могил Чехова и известных актеров МХАТа, на МХАТовском участке, среди вишневых деревьев в Старой части кладбища.
После смерти мужа Елена Сергеевна сделала почти невозможное. Ее великой заслугой является сохранение архива Булгакова — многие рукописи, хранившиеся в одном-единственном экземпляре, она успела перепечатать. Благодаря ее невероятной энергии после смерти Михаила Афанасьевича смогли увидеть свет многие до того неизданные его произведения — главным из которых является роман «Мастер и Маргарита».
Друг Булгакова Павел Попов, неоднократно слушавший в его чтении отдельные главы романа, но впервые прочитавший роман полностью уже после смерти писателя, в декабре 1940 года, написал Елене Сергеевне под свежим и острым впечатлением узнавания: «Ведь Маргарита… это Вы…»
