Четвертый прототип Не 177 V4 (177000004, CB+RP) служил для испытаний на грузоподъемность. Самолет также был потерян в июне 1941 года над Балтикой, в районе Рибница. Самолет не удалось вывести из пикирования из-за отказа механизма изменения шага винта. Испытатель Ганс Урсинус погиб.
Пятый прототип Не 177 V5 (177000005, PM+OD) заметно доработали. Прежде всего, машина получила полное пулеметно-пушечное вооружение. В носовой части фюзеляжа установили одиночный 13-мм пулемет Rheinmetall-Borsig MG 131. Такие же пулеметы стояли в хвостовой части фюзеляжа и под днищем. Четвертый MG 131 поставили сверху на фюзеляж. Спереди под кабиной установили еще один MG 131. В очередной раз увеличили объем бомбоотсека. Прототип V5 разбился 23 июня 1943 года во время опытного полета на малой высоте.
Опыт полетов на всех первых прототипах показал, что двигательная установка машины нуждается в серьезной доработке. Моторы DB 606 были крайне ненадежны и отличались неравномерным охлаждением блоков цилиндров, частыми поломками бензонасосов и неадекватной работой системы смазки. В частности, при резком форсаже мотор заливался бензином. С целью сократить массу самолета уменьшили список возможных модификаций. В частности, пришлось пожертвовать несколькими противопожарными переборками и сделать мотораму компактней. В результате в двигательном отделении царила теснота. При этом не удалось устранить частые протечки в топливной системе и системе смазки.
Следующий прототип Не 177 V6 (177000006, ВС+ВР) имел сухую массу 16815 кг и взлетную массу 28094 кг. Рост массы привел к тому, что удельная нагрузка на крыло возросла на 15 %. Одновременно мощность двигателей удалось поднять всего на 100 л.с. с 2600 до 2700 л.с., а рабочая мощность двигательной установки на высоте 5500 м составляла 2080 л.с. На прототипах V5 и V6 установили серийные моторы. Максимальная скорость V6 составила 464,7 км/ч, потолок 6960 м, а максимальная дальность полета 5494 км (5394 км у V5). Прототип V5 в 1943 году передали в KG 40 как учебную машину.
Прототип Не 177 V7 (177000007, SF+TB) почти не отличался от V6. На нем лишь несколько изменили конструкцию кабины, увеличив площадь остекления, и изменили вооружение. На Не 177 V6 стояли два 13-мм пулемета MG 131 и две 20мм пушки Rheinmetall-Borsig Oerlikon MG FF (верхняя и хвостовая огневые точки). На V7 стояло три MG 15 и MG 131. Кроме того, на V7 укоротили фюзеляж с 20316 до 19998 мм. Такой фюзеляж потом был на самолетах серий А-0 и A-1.
