Как отмечали близко знавшие молодого профессора начальники и коллеги, Василий Нечаев был совершенно чужд светскости и стремился к принятию священного сана. Желание его исполнилось: в декабре 1853 года он был рукоположен в сан священника, продолжая преподавать в МДС, одновременно являясь и законоучителем 1–го Московского кадетского корпуса. Но в 1855 году священник Василий Нечаев оставил преподавательскую деятельность и всецело посвятил себя пастырскому служению — святитель Филарет, митрополит Московский назначил его священником московского храма Николы в Толмачах, где о. Василий прослужил свыше тридцати лет.
Имени священника Василия Нечаева (впоследствии епископа Виссариона) так и суждено было бы остаться скрытым под толщей почти полутора столетий, прошедших во времени его служения в Толмачевском приходе, если бы в 1859 году он не присоединился к издателям журнала «Душеполезное Чтение», который редактировали тогда два московских священника — В. И. Лебедев и A. M. Ключарев (будущий архиепископ Харьковский Амвросий; 1901). Но первый издатель вскоре скончался, второй принял монашество и епископство, — и таким образом все труды издания «Душеполезного Чтения» полностью легли на плечи священника Василия Нечаева, поставившего главной задачей журнала «служить духовно–нравственному наставлению христиан, удовлетворять потребности общеназидательного и общенародного духовного чтения». Как и на пастырском поприще, так и в благом деле духовного просвещения он подвизался почти тридцать лет, что ничуть не мешало ему по–отечески заботиться о своих прихожанах и ревностно относиться к обязанностям приходского священника (впоследствии протоиерея и настоятеля Никольского храма).
В 1877 году скончалась супруга о. Василия, Варвара Никифоровна, и с того момента овдовевший протоиерей полностью посвятил себя служению Богу — он был пострижен в монашество с именем Виссарион, возведен в сан архимандрита и 30 июля 1889 года в возрасте 67 лет рукоположен во епископа Дмитровского, викария Московской митрополии.
В 1891 году епископ Виссарион (Нечаев) был назначен правящим архиереем Костромской епархии, а в 1894 году Святейший Синод Православной Российской Церкви утвердил его в степени доктора богословия.
Архипастырское служение не прервало связей епископа Виссариона с его детищем — «Душеполезным Чтением». Будучи уже престарелым и больным, он не переставал писать. За несколько дней до смерти Костромской владыка отправил в редакцию «Чтения» последнюю статью, снабдив ее горестным послесловием: «Посылаю статью для июльской книжки, и, кажется, последнюю. Я очень болен. Собираюсь особороваться. Прощайте братья, други, сродники и знаемии. Буди воля Господня. Мир всем». И не только из этих строчек приснопамятного епископа Виссариона мы узнаем, сколь дорого было для него дело духовного просвещения и образования вплоть до самой кончины: 15 мая 1905 года святитель совершил богослужение в Костромском Ипатьевском монастыре и заложил камень в основание фундамента здания женского епархиального училища — своего последнего начинания, а 30 мая 1905 года епископ Виссарион мирно отошел ко Господу.
