.
Расцвет Йенского университета пришелся на конец XVIII — начало XIX века, когда им фактически руководил великий Гёте, который, как известно, был не только прославленным писателем и поэтом, но и крупным государственным деятелем, философом и натуралистом. Йена входила в состав великого герцогства Саксен-Веймар-Эйзенахского со столицей в Веймаре, расположенном вблизи от Йены. Гёте — министр и личный друг герцога Карла Августа, способствовал тому, чтобы в Йене сосредоточилась интеллектуальная элита Германии. В те годы здесь преподавал историю знаменитый поэт и драматург Фр. Шиллер, читали лекции выдающиеся философы Г. Гегель, Й. Фихте, Фр. Шеллинг, «отцы» немецкого романтизма братья Шлегели, известные врачи, юристы и естествоиспытатели.
После 1815 года, в период реакции, Йенский университет пришел в упадок, как и большинство других немецких университетов. Однако преследования, которым подвергались свободомыслящие профессора и студенты, умерялись здесь либеральными гётевскими традициями, сохранявшимися при веймарском дворе. Новый подъем университета начался в середине XIX века при герцоге Карле Александре, который уделял много внимания развитию наук и искусств. Благотворную роль сыграл куратор университета М. Зебек. Он эффективно и дальновидно использовал скромные средства, которые выделяли веймарские власти на содержание университета. В 1850 — 1860-х годах здесь было построено несколько зданий, открылись новые институты и лаборатории. Зебек приглашал на невысокие оклады профессоров, изгоняемых из других университетов, не боялся предоставлять кафедры молодым талантливым ученым, только начинавшим научную карьеру. Так, в Йенском университете появились К. Гегенбаур и Э. Геккель, ставшие учителями Николая Миклухи.
Карл Гегенбаур (1826-1903) — приват-доцент, а с 1855 года — профессор зоологии и сравнительной анатомии в Йене. До 1860 года он занимался преимущественно изучением морских беспозвоночных, затем сосредоточился на сравнительной анатомии позвоночных. Фактический материал в трудах Гегенбаура по анатомии был истолкован с позиций дарвиновской теории, но сам он не занимался широкими теоретическими обобщениями. Убежденный дарвинист, он поддерживал своего друга Э. Геккеля — защитника и пропагандиста эволюционного учения. Гегенбаур пользовался признанием у специалистов, но оставался как бы в тени харизматической фигуры Геккеля, труды которого не только получили громкую известность в ученом мире, но использовались в идейно-политической борьбе на протяжении нескольких десятилетий.
