В сентябре 1861 года, с началом учебного года, вспыхнули волнения в Петербургском университете. Студенты протестовали против новых, «путятинских» (по фамилии министра народного просвещения) правил, предусматривавших усиление надзора за студенчеством, запрещение сходок, всех форм корпоративной деятельности (создание на выборных началах библиотек, читален, касс взаимопомощи и т. д.), почти полную отмену стипендий для неимущих. Многолюдные сходки с темпераментными выступлениями нередко антиправительственного содержания сначала происходили в университетских аудиториях, но затем нарастающий вал протестов выплеснулся за стены университета.
7 октября студенты устроили грандиозное шествие от университета через Дворцовый мост, Невский и Владимирский проспекты на Колокольную улицу, к дому попечителя учебного округа генерала Г.И. Филипсона. По пути к колонне студентов университета, растянувшейся на целую версту, присоединялись слушательницы женских курсов, студенты-медики, студенты-технологи, воспитанники военно-учебных заведений, гимназисты. Петербуржцы никогда не видели ничего подобного. На Невском французы-парикмахеры выбегали из своих заведений и, весело потирая руки, восклицали: «Революсьон! Революсьон!» Будущий знаменитый химик Д.И. Менделеев, тогда молодой приват-доцент университета, занес в свой дневник: «История встающей России началась. Этот день запишут и долго, долго будут помнить»[47].
Массовые студенческие сходки проходили и в следующие дни на улице и набережной, примыкающих к главному зданию университета. Несмотря на начавшиеся аресты, поддержать студентов сюда приходили толпы горожан. Среди них были и братья Миклухи. Михаил сообщает, что «братья, извещенные старшими товарищами, участвовали в студенческих беспорядках»[48].
14 октября возле университета были арестованы сразу 35 человек, в том числе Сергей и Николай. Их препроводили в Петропавловскую крепость и заключили как «секретных арестантов» в Кронверкскую куртину. Тюремный быт был очень тяжелым. Характерно, например, донесение коменданта крепости генерал-лейтенанта А.Ф. Сорокина петербургскому военному генерал-губернатору Н.Н. Игнатьеву об условиях, в которых содержались арестованные гимназисты: «В покои, где помещаются арестованные, для ночного освещения ставится ночник из конопляного масла, которое в продолжении ночи производит такую копоть, что у арестованных делается чернота в ноздрях, ушах и даже наружно, на лице, белье грязнится в короткое время, комнаты чернеют, воздух в оных заражается и разрушительно действует на здоровье лиц, в оных заключенных, потому что они не выходят из комнат даже "для естественной надобности", имеющейся же форточки для освещения комнаты слишком недостаточно, да и не всегда могут быть таковые раскрыты»
